12 марта 1801 г. на престол взошел император Александр I, по указу которого было учреждено министерство народного просвещения. В его подчинение от Сената перешел Московский университет.

24 января 1803 г. были приняты „Предварительные правила народного просвещения”. Россия делилась на шесть учебных округов, во главе которых должны были встать университеты – как существующие, так и намеченные к основанию. Московский университет получил право руководить работой всех школ и осуществлять цензуру книг в подведомственном учебном округе, избирать ректора и деканов, а также возводить в ученые степени кандидата, магистра и доктора наук. Должности директора и кураторов упразднялись, посредником между университетом и министерством народного просвещения являлся попечитель учебного округа.

5 ноября 1804 г. император Александр I утвердил Устав Московского университета. Согласно нему в университете учреждалось четыре отделения (факультета), соединявшие вместе 28 кафедр. На всех членов университета распространялось право внутреннего суда. „Все, что Университет для употребления своего по учебным и художественным предметам выписывает из чужих краев, как то: инструменты, книги, машины всякого рода и всякая художественные вещи, дозволяется привозить беспрепятственно и беспошлинно, как морем, так и сухим путем, и во избежание каковаго-либо вреда пограничная Таможня не вскрывает ящиков, Университету адресованных, но приложа клейма, при сообщении пропускает далее с тем, чтобы оные в самом Университете в присутствии Магистратского Члена вскрыты и освидетельствованы были…

Иностранные Чиновники Университета могут выехать за границу без всякого с имущества их в казну взыскания. При въезде в Государство предоставляется право каждому из них в первый раз привезти с собою, или по приезде выписать, пожитков или вещей в собственность ценою до 5.000 рублей беспошлинно…

Ординарные Профессоры Университета состоят в 7 классе; Профессоры Экстраординарные, Адъюнкты и удостоенные Университетом Доктора в 8 классе, Магистры в 9, Студенты-Кандидаты в 12 классе. Студенты, по принятие в Университет имеют право носить шпагу, и отличившиеся успехами в науках и похвальным поведением при вступлении в службу получают чин 14 класса. Ректор состоит в 5 классе…

Всякой Профессор и Адъюнкт, беспорочно и усердно в звании своем 25 лет прослуживший, будет почтен именем заслуженного; нежели пожелает оставить свое место, годовой его оклад обращается в пенсию по смерть из суммы Университетской, которою может пользоваться, жительствуя где заблагорассудит, в Государстве или вне оного… Вдовы Профессоров, Адъюнктов и Учителей и малолетные их дети имеют получать единовременно годовое жалованье умерших, или сверх того и пенсию… Когда вдова вступает в новый брак, то пенсию производить детям, которая прекращается, когда последнему из них исполнится 21 год, или когда и прежде 21 года, дочери выдут в замужество, а сыновья определены будут в службу…”

В июне 1805 г. профессор Страхов впервые в России произвел эксперимент, связанный с проверкой электропроводимости земли и воды. Электрический ток пропускался им с одного берега Москвы-реки на другой.

6 августа 1809 г. издан указ об обязательном государственном экзамене, который производился по университетской программе для производства в чин коллежского асессора и статского советника. Указ вызвал значительный приток в Московский университет студентов, а также чиновников, посещающих особые лекции для подготовки к экзамену.