Сведения о том, что именно минойцы первыми осваивали земли будущей Ионии, сохранились в труде Диодора Сицилийского. Эту колонизацию он связывает с именем Радаманта, брата легендарного царя Крита Миноса: «Он овладел множеством островов и обширной областью в приморской части Азии, причем тамошние жители добровольно перешли под власть Радаманфа, прослышав о его справедливости. Одному из своих сыновей, Эрифру, он передал царскую власть над получившими от последнего свое имя Эрифрами, Хиос отдал Энопиону, сыну Ариадны, дочери Миноса» (V, 79). Павсаний упоминает город Колофон, около которого находился храм Аполлона в Кларосе: «Жители Колофона считают святилище и оракула в Кларосе в числе самых древнейших. По их словам, когда этой землей владели еще карийцы, первыми из эллинских племен прибыли сюда критяне, под начальством Ракия» (VII, 3, 1). Страбон пишет о том, что «Магнесия на Меандре – колония фессалийских магнетов и критян» (XIV, I, 11). Таким образом, можно говорить о том, что кроме Милета в этот период времени были основаны Эрифры, Колофон, Магнесия на Меандре и Хиос, город на одноименном острове. При этом данные письменных источников подтверждаются археологическими находками.

Вторая волна колонизации началась с прибытием в Малую Азию ахейских племен. Это уже XV–XIII вв. до н. э. Ахейцы не только занимали критские поселения, как это случилось в Милете или на Хиосе, но и основывали собственные.

Массовое переселение ионийцев в Малую Азию начинается в XII–XI вв. до н. э. Дорийское завоевание спровоцировало новую волну миграции, и тысячи людей устремились из Балканской Греции на восток. Согласно преданиям, ионийцы так назывались по имени легендарного афинского царя Иона, внука царя Фессалии Эллина. Всего же было четыре племени – ионийцы, эолийцы, ахейцы и дорийцы. Впрочем, не надо думать, что в колонизации западного побережья Анатолии принимали участие исключительно ионийцы, вместе с ними туда устремились и представители других племен. Как и ахейцы, ионийцы не только занимали минойские и ахейские поселения, но и строили новые. Страбон перечисляет 12 ионийских городов: Милет, Миунт, Лебедос, Колофон, Приену, Теос, Эрифры, Фокею, Клазомены, Хиос, Самос и Эфес, который географ называет «царской столицей ионийцев» (XIV, I, 3). Впрочем, Павсаний в этот список добавляет Смирну, но почему-то считает его двенадцатым городом, а не тринадцатым, хотя он и был захвачен силой у соседей: «Смирну, один из 12 эолийских городов, лежащий на том самом месте, где еще и в мое время находился город, называемый Старым городом, эту Смирну ионяне, двинувшись из Колофона, отняли у эолян и ею завладели; впоследствии ионяне разрешили жителям Смирны участвовать в собрании в Панионийском центре» (VII, 5, 1). Впрочем, в VII веке до н. э. Смирна будет разрушена войсками лидийского царя Алиатта и количество ионийских городов вновь станет двенадцать.