Кроме того, Новомбергский являлся членом правления Советского Общества изучения Сибири и ее производительных сил, членом редакции журнала «Жизнь Сибири», сотрудничал с периодическими изданиями «Советская Сибирь», «Биржевые бюллетени», «Сибирская экономическая жизнь» и др. Работа в Сибирской краевой плановой комиссии отразилась в ряде публикаций по экономическим проблемам Сибири 1920-х гг.[33]
Однако завоевать полное доверие партийных органов Новомбергскому не удалось. В условиях сворачивания нэпа и курса на коллективизацию он получил ярлык сторонника капиталистической реставрации и представителя «кондратьевщины». Возможно, с этим связана попытка Новомбергского уйти в мае 1927 г. на преподавательскую работу в Сибирский ветеринарный институт в Омске, о чем ходатайствовал ректор института[34]. К сожалению, это намерение ему реализовать не удалось.
В конце 1928 г. Новомбергский был уволен из Сибплана и лишен избирательных прав. Именно тогда он стал одним из главных героев «Обзора секретного отдела ПП ОГПУ по Сибирскому краю о настроениях интеллигенции»[35]. Прежде всего, ему приписали критику политики ВКП(б), якобы он говорил: «В политике партии наступил кризис. Коммунисты набрасываются на специалистов и фракционеров, обвиняя их во вредном влиянии на советский аппарат…Коммунисты превращают кооперацию из средства помощи населению в деле снабжения предметами первой необходимости в грабиловку». Далее, составители обзора приписывали ему критику избирательной системы: «Большего произвола, какой существует в СССР, в смысле выбора органов власти я не видел и история государства такого произвола не знает. Почти все порядочные люди, в том числе и я, лишены избирательных прав. Но мы радуемся тому, что мы не причастны к этому произволу».
Наконец, составители обзора изложили взгляды Новомбергского на состояние научного сообщества: «Пребывая некоторое время среди профессуры Томского ВУЗ'а, я подметил, что профессура делится на два лагеря "левых" и "правых". Я же смотрю на это так: "правые" – это люди чистой науки, а "левые" – это карьеристы, воспевающие хвалебные гимны господствующей партии ВКП. Теперь для того, чтобы стать видным профессором, особой учености не требуется, нужно только научиться подхалимству, как это делают "левые", ты достигнешь Академии, а выбора в Академии в этом меня еще больше убедили: кто воспевает хвалебные гимны марксистской науке, тот и был выбран в Академию. Я и все другие честные ученые не хотим быть членами никакой Академии, которая является филиалом ЦК ВКП».
В «Обзора секретного отдела ПП ОГПУ» содержатся и сведения о реакции инженеров и техников на увольнение Новомбергского. Основные объяснения этого увольнения заключались либо в интригах против профессора, либо в зачистке Советских органов в условиях борьбы с правым уклоном. Инженер Подбельский подвел итог этим обсуждениям: «Политика увольнения таких крупных "китов" показывает, что никто из специалистов не может быть гарантирован от того, что его завтра не выбросят со службы, поэтому специалистам нечего особенно стараться, т. к. старания наши не будут приняты в расчет». По мнению составителей обзора, только инженер Миняев правильно понял причины увольнения: «Болдырев и Новомбергский открыто ведут антисоветскую деятельность и ничего хорошего в Советском строительстве не видят и не хотят видеть».
Но тогда Новомбергскому удалось все же выйти из-под удара. В первой половине 1929 г. по постановлению ВСНХ Сибири он участвовал в составлении лесопромышленного плана Сибири. Затем выехал на Кавказ и в 1929–1930 г. был ученым секретарем и организатором комиссии Сулакстроя в Дагестанской АССР. По поручению Совнаркома Дагестанской республики разработал основной вариант организации химического комбината для использования гидроэлектростанции на р. Сулак.