За время его правления в царстве каких-либо серьезных преобразований не прпоизошло. Если не считать, что военная сила Москвы окрепла. Лишь при восшествии на престол государь «явил новизну», открыв в столице духовное училище на 30 человек, в котором преподавали монахи Греческой православной церкви. Царь Федор государственными делами по состоянию здоровья себя не обременял. Делами у него заправляла Боярская дума. Ее члены – бояре, окольничие и думные дьяки обязывались царским указом прибывать на «рабочие места» в первом часу после рассвета.

Третий венценосный Романов вошел в народное сознание как монарх, заботившийся о бедных людях. За счет государственной казны он строил дома для многих тысяч убогих и нищих людей. При нем предварительные дела в Разбойном приказе решались без промедления. В «Уложении» по вопросам судопроизводства появилось много новых статей. Царь лично рассматривал дела о «тюремном мучительстве».

Федор Алексеевич все же сделал немало существенного для продолжения отцовских военных преобразований, хотя реформатором в этой области его назвать трудно. В 1680 году он передал руководство военными приказами – Разрядным, Рейтарским и Иноземным (ведавшим солдатскими полками) в руки одного человека – известного воеводы князя Юрия Долгорукого. Вскоре ему в подчинение был передан и Стрелецкий приказ. Благодаря этому все остальные приказы теряли свои военные функции. Все финансовые дела сосредотачиваются в приказе Большой казны. В 1680 году Россия впервые получила государственный бюджет. Поместные и вотчинные дела полностью передаются в Поместный приказ.

Самым примечательным гражданским актом правления Федора Алексеевича стало уничтожение местничества. 12 января 1682 года царь утверждает указ Боярской думы об отмене местничества и окончательном уравнивании в правах правящих слоев государства.

Ранее люди знатного происхождения законным образом претендовали на самые высокие посты не по личным качествам и заслугам, а по именитости происхождения. Такая «борьба» за места постоянно вела к личной вражде различных боярских родов и ничего, кроме зримого вреда, государству не давало.

Уничтожения местничества требовала сама жизнь. Старое боярство пришло в упадок, и потому в Боярской думе становилось все больше и больше представителей неродовитого дворянства. По царскому повелению «Разрядные книги» подверглись публичному сожжению в передней государевой палаты в присутствии патриарха, епископов, боярства и думных чинов (всего 167 человек). Историк Ключевский по этому поводу заметил, что в России «умерло боярство».

Своим преемникам Федор Алексеевич оставил усовершенствованную налоговую систему. В 1681 году он «простил» все недоимки должников, снизил общую сумму налогооблажения и установил в своих грамотах льготы для каждого уезда. Совершенствование косвенных налогов привело к росту казенной прибыли. Перед смертью царь возвратил из ссылки бывшего патриарха Никона, принял участие в его похоронах. Вскоре Никон был официально реабилитирован Собором восточных патриархов и посмертно восстановлен в патриаршем звании.

К концу своего правления самодержец Федор Романов стал крупнейшим землевладельцем в государстве. По переписи 1678 года дворовые владения царя составили 88 тысяч крестьянских дворов. Все бояре, окольничие и думные дворяне владели вместе 45 тысячами дворов. Церковные владения составляли более 116 тысяч крестьянских дворов. Вторым по богатству землевладельцем Московского царства являлся патриарх с более чем 7 тысячами дворов.