Вернувшись на Дон, разинцы обосновались на небольшом Кагальницком острове, недалеко от станицы Кагальницкой. Сюда стали стекаться беглые люди. Уже первые сообщения о том вызвали в Москве крайнюю озабоченность.
Из столицы на Дон прибыл думный дворянин Евдокимов, чтобы навести среди донского казачества порядок. Он слишком круто взялся за дело. Разинцы прибыли на казачий круг в Черкасск, отстранили от власти войскового атамана, царского посланца утопили в реке, а атаманский бунчук преподнесли Степану Тимофеевичу.
После этого Разин во главе 7-тысячного отряда казаков и примкнувших к нему крестьян-повстанцев Василия Уса двинулся на Волгу. Были взяты Царицын, Черный Яр и Астраханская крепость. Местный воевода князь Прозоровский и многие «лучшие люди» были казнены. На городской площади перед Приказной избой состоялась «публичная казнь» всем казенным бумагам – их просто сожгли.
В 1770 году Крестьянская война охватила Поволжье. В руках восставших оказались Самара, Саратов, Алатырь, Саранск, Пенза и другие города. Один из повстанческих отрядов возглавила монастырская старица Алена. На Среднем Дону и Слободской Украине действовал брат Степана – Фрол.
Когда Разин решил двинуться с Волги на Москву, для него начались неудачи. Сперва он не смог взять приступом Симбирск, который оборонял воевода Иван Милославский. Затем восставшие понесли поражение в битве с войсками воеводы князя Юрия Барятинского.
Едва не попавшему в плен раненому Степану Разину пришлось бежать на Дон. Там он был захвачен домовитой казачьей старшиной во главе с донским атаманом Корнилом Яковлевым и отправлен в Москву. 6 июня 1671 года Разин был казнен на Красной площади при большом стечении народа.
Неизвестный автор «Сообщения касательно подробностей мятежа, недавно произведенного в Московии Стенькой Разиным» так описывал стойкость казачьего атамана во время казни: «Стенька слушал приговор с видом безучастным и не проронил ни слова, а лишь стоял, потупя глаза в землю. Когда пришло время палачу приступить к делу, Стенька несколько раз перекрестился, обратившись лицом к церкви Пречистой Богородицы Казанской, что означает Пресвятой Божьей Матери Казанской.
После того поклонился он трижды на три стороны собравшемуся народу, говоря “прости”, что выражает просьбу о прощении. И вот зажали ему промеж двух бревен, и отрубили правую руку по локоть и левую ногу по колено, а затем топором отсекли ему голову. Все было совершено в короткое время с превеликой поспешностью. И Стенька ни единым вздохом не обнаружил слабости духа».
Брат атамана – Фрол смалодушничал и в последний момент выкрикнул: «Государево дело!» По обычаю того времени это означало, что преступник хочет сообщить особо важную государственную тайну. Казнь Фрола Разина была отложена. Его продолжали допрашивать и пытать еще целых пять лет и только в мае 1676 года предали смерти.
Разинское восстание было подавлено с невиданной жестокостью. Автор «Сообщения», вышедшего во Франции в 1671 году, писал о расправе князя Юрия Долгорукого над побежденными в городе Арзамасе: «…На это место страшно было взглянуть. Оно походило на преддверие ада. Повсюду стояли виселицы. На каждой из них висело по сорок – пятьдесят человек. В других местах валялось множество обезглавленных тел, плававших в крови. В разных местах находились посаженные на колья. Некоторые из них жили до трех дней и даже говорили…»
Историки сходятся на том, что известная жестокость Петра I, особенно в ходе казней московских стрельцов и Стрелецкого розыска, имела «отцовские корни». Вне всякого сомнения, он знал о том, как подавлялась «разинщина», знал о кровавых делах «вора»-разбойника Стеньки Разина и потому без колебаний шел на самые крайние меры в репрессиях против всех тех, кто подрывал устои его самодержавной власти. Тем, кто на эту власть поднимал оружиие, пощады не было и быть не могло. Здесь Петр I никогда не колебался.