Репрессии коснулись не только политиков. Десятки учёных были арестованы и осуждены по так называемому «делу Академии наук». Подверглись репрессиям деятели искусств. Сотни офицеров Красной армии были арестованы и осуждены.
Репрессии 1937–38 годов были особенно массовыми и жестокими. Они даже получили особое название «ежовщины», по имени их организатора – наркома Николая Ежова. Порой их называют самоистреблением советского руководства: из 73 человек, выступавших на февральско-мартовском Пленуме ЦК 1937 года, 56 были расстреляны. Погибло также большинство делегатов XVII съезда ВКП(б) и некоторые лица из ближайшего окружения Сталина. Но в конечном итоге погиб и сам нарком Ежов.
Репрессии продолжались и позднее, вплоть до смерти Сталина в 1953 году. По данным разных исследователей, было арестовано от 3,6 до 3,8 млн человек, из них расстреляно более семисот тысяч. Остальные содержались в заключении в концентрационных лагерях системы ГУЛАГ (Главное управление лагерей). Сталин расценивал узников лагерей как экономический ресурс, именно их руками был выстроен Беломорканал, канал Москва – Волга, Волгодонской канал и другие.
Многие ставят в вину лично Сталину неподготовленность Советского Союза к войне и огромные потери, особенно в начальный период войны.
В конце 30-х – начале 40-х годов Сталин предпочитал лавировать между двумя основными альянсами западных держав. Воспользовавшись столкновением Германии с Англией и Францией в 1939 году, СССР занял территории Западной Белоруссии и Западной Украины и развязал войну с Финляндией, за что был в декабре 1939 года исключён из Лиги Наций как агрессор.
Многие военные историки утверждают, что Сталин был слабым стратегом и принимал множество некомпетентных решений. Однако маршал Советского Союза Георгий Константинович Жуков, не боявшийся критиковать Сталина за просчеты в обороне, признавал, что начиная со Сталинградской битвы Сталин стал уже проявлять себя, как человек «…владеющий вопросами организаций фронтовых операций и операций групп фронтов и руководящий ими с большим знанием дела, хорошо разбираясь и в больших стратегических вопросах», а также умеющий «найти главное звено в стратегической обстановке». В целом Жуков оценивал Сталина как «достойного Верховного Главнокомандующего».
В 1945 году, когда победа над фашизмом стала делом времени и союзники наконец открыли второй фронт, Сталин участвовал в двух международных конференциях – Потсдамской и Ялтинской, посвящённых установлению послевоенного мирового порядка. Он добился для СССР достойных территориальный приобретений.
После окончания Великой Отечественной войны в стране наблюдался дефицит рабочих рук, скота и техники. Сельское хозяйство и промышленность на большей части европейской территории СССР лежали в руинах. Снова начался голод. В этот период Сталин показал приверженность своим методам руководства: были приняты драконовские законы, такие как указ о борьбе с хищениями, которые предусматривали длительные сроки заключения за воровство на производстве. По этой статье за пять лет было осуждено более 2 млн человек. Но в то же время увеличилось финансирование сферы образования и науки, выросло число научно-исследовательских институтов, созданы Академии наук в Казахстане, Латвии и Эстонии. С 1951 года обязательным стало семилетнее школьное образование.
На довоенный уровень по большинству экономических показателей СССР вышел уже в 1948 году, после чего продолжался быстрый рост ВВП. В конце 1940-х – 1950-е годы советская экономика уже развивалась преимущественно по интенсивному пути.