В первый день января 1795 года екатерининским указом 34-летний Дохтуров жалуется чином полковника и назначается командиром Елецкого пехотного полка. Он оставляет ряды Гвардии и становится армейцем. Уже тогда герою войны со Швецией стали предсказывать «достойную его карьеру».

В ноябре 1797 года Д.С. Дохтуров удостаивается чина генерал-майора и назначается шефом Софийского мушкетерского полка. Шеф тогда отвечал за устройство и обученность воинской части, командовал ею на войне, был во всем ответственен перед государем за свой полк. Уже тогда Дмитрий Сергеевич мог сказать слова, которые произнесет гораздо позднее:

«Я никогда не был придворным, не искал милостей в главных квартирах и у царедворцев – я дорожу любовью войск, которые для меня бесценны…»

В октябре 1799 года Дохтуров, служба которого при императоре Павле I, как казалось многим, складывалась удачно, жалуется чином генерал-лейтенанта. Однако такое «представление» о дохтуровской карьере не выдержало испытания и одного года.

Государь, склонный «бросать» в опалу многих и многих людей военных, уже в июле 1800 года отправил новоиспеченного генерал-лейтенанта в отставку, отдав его под суд. Однако суд Дохтурова оправдал, а император Павел I к тому времени «отошел от монаршего гнева» и через четыре месяца, в ноябре, вернул Дохтурова на армейскую службу. Думается, что от павловского периода своей биографии у Дмитрия Сергеевича остались не самые лучшие воспоминания.

В конце июля 1801 года генерал-лейтенант Д.С. Дохтуров назначается шефом Олонецкого мушкетерского полка. Он вновь блеснул мастерством обучения и воспитания подчиненных, как нижних чинов, так и офицеров.

В январе 1803 года следует назначение шефом Московского мушкетерского полка. Тем же императорским указом Дохтуров назначается инспектором пехоты Киевской инспекции. Так что теперь служебных забот у него умножилось.

…Когда началась Русско-австро-французская война 1805 года, Московский мушкетерский полк вошел в состав 50-тысячной кутузовской Подольской армии, которая выступила в Австрийский поход на соединение с 46-тысячной армией венского двора. Войска (пехота) двигались пятью отрядными колоннами, которые возглавляли генералы Багратион, Милорадович, Дохтуров, Репнинский и Мальтиц.

Походные колонны двигались по дорогам, размытым осенними дождями. Когда Подольская армия вышла на театр военных действий, союзники-австрийцы под командованием генерала Макка без боя сдались французам у города Ульма. Русским войскам, которые лишились помощи союзников, в такой ситуации пришлось начать почти месячное отступление от Браунау к Кремсу. Путь шел по правому берегу Дуная. Дохтуров писал жене:

«Мы идем по ночам, мы почернели… офицеры и солдаты босиком, без хлеба. Какое несчастье быть в союзе с такими негодяями, но что делать!..»

Генерал-лейтенант Д.С. Дохтуров отличается в сражении при Кремсе, в котором был разбит корпус маршала империи Мортье. Наградой ему стал Военный орден Святого великомученика и победоносца Георгия сразу 3-й степени, минуя низшую, 4-ю степень. Это была, несомненно, хорошая «авторская заявка» на будущие дела: в царствование Александра I такие «перепрыгивания через ступень» в орденских награждениях были исключением из положений Георгиевского статута.

Дело под Кремсом начиналось так. Командовавший русской армией М.И. Голенищев-Кутузов получил донесение о том, что французы переправились на левый берег Дуная и густой пехотной колонной движутся от Дирнштейна к Кремсу. Генералу Милорадовичу было приказано удержать неприятельский корпус с центра, а Дохтурову – обойти его и перерезать путь возможного отхода или, если ситуация изменится, нанести удар с фланга.