На этом его участие в кампании 1808 года прекращается. Тяжело заболевший генерал был вынужден уехать в Санкт-Петербург. В столице стал участвовать в заседаниях Военного совета. Выздоровев, М.Б. Барклай-де-Толли вновь отправляется в Финляндию: в феврале 1809 года следует назначение командиром так называемого «Вазского» корпуса, предназначенного к переходу через Ботнический залив на территорию Швеции. Получив назначение, он сразу же выезжает в Або, а оттуда – в Вазу.

Для перехода по льду Ботнического залива через пролив Кваркен шириной в 100 километров составляется войсковая колонна: 3 тысячи человек при 8 полевых орудиях. Свое движение к берегам собственно Швеции она начала из города Вазы. Замерзший Кваркен таил в себе многие опасности: «Ибо Кваркен зимою наполнен огромными полыньями и трещинами во льду, прикрываемыми наносимым снегом».

Выступив в поход 7 марта, русские войска 10-го числа вышли к берегам противного государства. Шведы, не принимая боя, почти всюду уходили от столкновения без пальбы. Бежала прочь с побережья близ Умео и большая часть местных жителей. Колонна Барклая-де-Толли без боя занимает город. В Стокгольме начинается паника: война пришла из Финляндии на территорию Швеции. Воинствующий король Густав лишился престола.

Пробыв в Умео несколько дней, русский экспедиционный отряд 15 марта двинулся в обратный путь, к берегу Финляндии, в Вазу. В донесении императору Александру I корпусной начальник скажет о переходе через Кваркен такие примечательные слова:

«…Понесены были труды, единственно русскому преодолеть возможные».

Одновременно с этим рейдом проводился и другой подобный: корпус генерала П.И. Багратиона совершил переход по льду на Аландские острова. Эта смелая «двойная» операция русского командования поставила Швецию в безвыходное положение, и та заключила мир с Россией, отказавшись от всяких притязаний на Финляндию.

За успешный зимний переход через Ботнический залив М.Б. Барклай-де-Толли 20 марта 1809 года вместе с П.И. Багратионом производится в генералы от инфантерии. Теперь он, кавалер многих орденских наград, входит в круг высшего генералитета Российской империи. Возраст позволял ему видеть перспективу в армейской службе.

Война со Швецией победно завершилась. Часть армейских сил выводится с театра военных действий. В мае новоиспеченный полный пехотный генерал назначается главнокомандующим Финляндской армией и финляндским генерал-губернатором. В должностной иерархии Российской империи это были, в силу близости к столице, посты большой важности.

В мае 1809 года император Александр I пожаловал супруге М.Б. Барклая-де-Толли – Елене Августе Элеоноре, урожденной фон Смиттен, за военные заслуги ее мужа орден Святой великомученицы Екатерины. Так жена полководца стала Кавалерской дамой, получив право часто бывать при дворе.

Когда Александр I решил посетить Финляндию, эту часть территории Российской державы, примыкавшую к городу на Неве, то Барклай-де-Толли сопровождал государя в поездке из Борго в крепость Свеаборг.

Император получил хорошую возможность лично познакомиться со своим верноподданным, полководческая звезда которого стала восходить к зениту славы. Современники считали Александра I Павловича человеком осторожным, но достаточно проницательным. Поэтому монарх редко ошибался в людях, которых вводил в свое окружение.

К тому времени в России с 1802 года уже действовала система министерского управления. Вскоре после Тильзитского мира 1809 года в Европе стала все яснее ощущаться угроза нового столкновения империи Романовых с наполеоновской Францией. Временщик генерал от артиллерии А.А. Аракчеев, человек лично жестокий, оказался не способен к подготовке военной силы России к новой большой войне, и государь решил заменить его более деятельным и знающим человеком.