В июле 1937 года был арестован и расстрелян отдыхавший в Советском Союзе премьер-министр Монгольской Народной Республики Боточи по ложному обвинению в связях с японской разведкой. Одновременно органы советского НКВД арестовали в Монголии 16 министров и их заместителей, 42 генерала и старшего офицера, 44 высших служащих государственного и хозяйственного аппарата. Операцией руководил заместитель Ежова Фриновский. Указанных и других монгольских деятелей вывезли в Советский Союз и в июле 1941 года расстреляли. Были также уничтожены многочисленные ламы, места захоронения которых до сих пор не обнаружены.

Перед самой войной с территории Карело-Финской ССР и Ленинградской области был выселен небольшой народ – ингерманландские финны.

В самом начале войны депортировали немцев Поволжья, а затем всех немцев, проживавших в европейской части СССР. Всего в 1941–1942 годах переселили более миллиона немцев в Казахстан, Киргизию, Новосибирскую и Омскую области. Они потеряли свою автономию, оказавшись в «трудовых колониях».

28 августа 1941 года Президиум Верховного Совета СССР издал указ о ликвидации автономной республики немцев Поволжья:

«По достоверным данным, полученным военными властями, среди немецкого населения, проживающего в районе Поволжья, имеются тысячи и десятки тысяч диверсантов и шпионов, которые по сигналу, данному из Германии, должны произвести взрывы в населенных немцами районах Поволжья.

О наличии такого большого количества диверсантов и шпионов среди немцев Поволжья никто из немцев, проживающих в районах Поволжья, советским властям не сообщал, следовательно, немецкое население районов Поволжья скрывает в своей среде врагов советского народа и советской власти.

В случае, если произойдут диверсионные акты, затеянные по указке из Германии немецкими диверсантами и шпионами в республике немцев Поволжья или в прилегающих районах, и случится кровопролитие, Советское правительство по законам военного времени будет вынуждено принять карательные меры почти против всего немецкого населения Поволжья.

Во избежание таких нежелательных явлений и для предупреждения серьезных кровопролитий Президиум Верховного Совета СССР признал необходимым переселить все немецкое население, проживающее в районах Поволжья, в другие районы с тем, чтобы переселяемые были наделены землей и чтобы им была оказана государственная помощь по устройству в новых районах.

Для расселения выделены изобилующие пахотной землей районы Новосибирской и Омской областей, Алтайского края, Казахстана и другие соседние местности.

В связи с этим Государственному Комитету Обороны предписано срочно произвести переселение всех немцев Поволжья и наделить переселяемых немцев Поволжья землей и угодьями в новых районах».

При приближении немецких войск в Чечне вспыхнуло противобольшевистское восстание, которое немцы активно поддержали оружием и инструкторами.

Карачаевцы, балкары и дезертиры из других кавказских народов сформировали Кавказский легион Вермахта.

Калмыцкая конница целыми подразделениями переходила на немецкую сторону.

Когда в середине 1943 года германская армия отступила с Кавказа на запад, часть горцев ушла с ней. Но для оставшихся наступили мрачные времена. Сталин решил наказать не предателей, а целые народы. 6 ноября 1943 года были высланы карачаевцы – 69 тысяч человек. В декабре калмыки – 93 тысячи. 23 февраля 1944 года – 496 тысяч чеченцев и ингушей. 8 марта – 33 тысячи балкарцев. Выселять предпочитали в праздники, когда больше людей собиралось по домам. Всего около 650 тысяч.