Императрица тем временем подписала грамоту на пожалование Суворову ордена Св. Александра Невского: «За оказанную Нам и отечеству отличную услугу совершенным разбитием восставшего противу наших войск литовского гетмана Огиньского, всемилостивейше жалуем вас кавалером нашего ордена Святаго Александра Невского, которого здесь включённые знаки, самим вам на себя возложа, носить повелеваем. Мы надеемся, что сие Наше Монаршее к вам отличное благоволение послужит вам вящим побуждением посвятить себя службе Нашей».

После победы при Столовичах конфедераты попали в отчаянное положение. Их главные боевые силы уничтожены. Русский экспедиционный корпус и королевские польские войска контролировали большую часть Речи Посполитой. Три потрёпанных отряда конфедератов всё ещё пытались оказать сопротивление: под Краковом действовал отряд Валевского, под Ченстоховой – отряд Пулавского, в Великой Польше – группировка Зарембы.

Оказавшись перед опасностью полного разгрома, конфедераты усилились новым французским контингентом во главе с генерал-майором бароном де Виоменилем, который в Бяле формировал новые отряды. Французы намеревались захватить древний Краков и провозгласить там новое правительство Польши. Бибиков поручает Суворову действовать в Краковском воеводстве – там, где ожидались основные события заключительного этапа войны. Суворов расположил в Кракове Суздальский полк во главе с Штакельбергом, который не внял требованиям Суворова проявлять бдительность. Конфедераты подкупили краковского трактирщика Залесского, с его помощью лазутчики Виомениля ночью пробили брешь в стене замка – и в ночь на 22 января 1772 г. полковник Шуази повёл войска на захват замка. Авангардный десант из пятидесяти человек уничтожил караульных, на судах к Кракову прибыл отряд из пятисот конфедератов с пятью орудиями. Им удалось овладеть Краковским замком. Штакельберг запросил помощи у подполковника Елагина, стоявшего с отрядом в Пинче. В ночь на 24-е Елагин занял позиции у Краковского замка, прикрывая его от новых возможных атак конфедератов со стороны Бялы и укреплённого монастыря Тынца.

Суворов, соединившись с верными короне польскими кавалеристами Браницкого, выступил в Краков, утром 24 января начав осаду замка. Под командованием Суворова граф Казимир Браницкий, самый влиятельный и удачливый из польских командиров, верных Станиславу-Августу, действовал успешно. Патрули Суворова перекрыли все пути к замку, рассеяли отряды конфедератов в окрестностях города. Во время осады Краковского замка огорчил Суворова капитан Иван Лихарев, командовавший отрядом из шестидесяти человек. Суворов писал о Лихареве: «Он, увидя вышедших не весьма большое число возмутителей, приступающих только к тому дому, не имея ещё от возмутителей ни сам, ни команда его вреда, пришед в позорную и предосудительную робость, не только на них нападения не сделал, но ниже регулярно поступал, не чиня отпору и не выстреля пяти раз, сказав команде своей, чтоб только всякий спасал жизнь; сам, оставя пост, от них уехал, почему вся команда рассеялась и в бегство обратилась; и того посту не удержал, но при том случае убито у него мушкетёр два, ранено четыре человека… За что он, Лихарев, содержится под арестом». Трусости на поле боя Суворов не признавал, трудно было обосновать перед Суворовым даже минимальное отступление. Лихарева наказали вполне по заслугам.

Штурм Кракова Суворов планировал провести четырьмя колоннами с четырёх сторон – под командованием подполковников Эбшелвица, Елагина, Гейсмана и майора Гагрина. Но Шуази удалось отразить двухчасовой штурм 18 февраля: он надёжно укрепил брёвнами ворота, и их не удалось взорвать. Суворов убедился, что без тяжёлой артиллерии Краковского замка не взять. Воодушевлённые французы предприняли атаку со стороны Тынца. Конный отряд Сапеги оттеснили кавалеристы премьер-майора Нагеля, которым помогала польская королевская кавалерия. Суворов принял решение блокировать Тынц двумя отрядами – Браницкого и Ланга. 2 марта под Тынцем завязался бой с переправившимся через Вислу отрядом маршалка Зиберга. Получив известие о переправе и перестрелках поляков с казаками, Суворов незамедлительно прибыл на место действия. В трёхчасовом бою русским кавалеристам удалось разгромить этот отряд. Зиберг на пароме переправился к Тынцу.