В 1704–1707 гг. Себастьян служил церковным органистом в Арнштадте и Мюльгаузене. В этот период он писал кантаты, хоральные обработки и другие сочинения для органа. К этому времени относится клавирное «Каприччио на отъезд возлюбленного брата», посвященное отъезду брата Иоганна Якоба в Швецию. Это сочинение – единственный пример «программной» музыки у Баха. А приуроченная к выборам в муниципальный совет Мюльгаузена кантата «Gott ist mein Konig», отгравированная и напечатанная на средства совета, оказалась единственной, изданной при жизни композитора. Там же, в Мюльгаузене, в 1707 г. Бах женился на своей кузине Марии Барбаре, младшей дочери Иоганна Микаэля Баха – муниципального органиста из Герене.

В 1708–1717 гг. Себастьян был придворным органистом и композитором в Веймаре, где написал множество органных и клавирных сочинений. Современников восхищала его непревзойденная игра на органе. Однако постоянно слыша в свой адрес восторженные отзывы, Бах неизменно отвечал: «Моя игра не заслуживает такого возвышенного внимания и похвал, господа мои! Ведь мне только и нужно-то всего-навсего попадать пальцами по надлежащим клавишам в определенное время – и тогда инструмент играет сам…»

К этому времени относится забавный случай, который ярко характеризует виртуозное мастерство Баха-органиста. В 1717 г. в Дрезден приехал прославленный французский клавесинист и органист Маршан, своей игрой вскруживший головы всем, даже королю-курфюрсту. По единодушному мнению двора, Маршан решительно затмил всех известных немецких исполнителей. Но королевский капельмейстер Волюмье шепнул курфюрсту, что в Веймаре проживает скромный органист Бах, искусство которого не допускает никакого соперничества. И тогда монарх решил устроить соревнование.

Для того чтобы дать музыкантам возможность присмотреться друг к другу, было устроено своеобразное предварительное прослушивание, на котором Маршан сыграл блестящую французскую арию, сопровождая мелодию многочисленными украшениями и блистательными вариациями. Когда мировая знаменитость взяла последний аккорд, слушатели разразились громкими аплодисментами. Затем настал черед Баха.

Себастьян неожиданно заиграл ту же самую арию. Причем, несмотря на то что он услышал ее впервые в жизни, Бах безошибочно повторил все вариации, одну за другой, и играл, сохраняя все украшения французского виртуоза, а потом перешел к собственным вариациям, гораздо более изящным, трудным и блестящим… Когда он закончил и встал из-за инструмента, последовал оглушительный гром аплодисментов, который не оставлял сомнения, кто играл лучше – француз или немец. Однако было решено, что соперники сойдутся еще раз для музыкального состязания перед королем.

Но в назначенный день Маршан не явился. Позже выяснилось, что француз еще утром уехал из города, даже не нанеся прощальных визитов, т. е. попросту сбежал… А Бах, так и не добившись освободившегося места придворного капельмейстера в Веймаре, переехал в Кётен, где получил должность «директора камерной музыки» при дворе тамошнего герцога Леопольда Ангальт-Кётенского, страстного музыканта и меломана, который играл на клавесине, гамбе и обладал недурным голосом. В обязанности Баха входило сопровождать пение и игру герцога, а также руководить капеллой из 18 музыкантов.

Но герцог, поначалу проявлявший живой интерес к музыке, вскоре охладел к своей капелле, и музыкальная жизнь стала постепенно приходить в упадок. В Кётене к тому же отсутствовал приличный орган. В это время у Баха уже была большая семья (семеро детей), а летом 1720 г. его постигла тяжелая утрата: вернувшись из поездки в Карлсбад, он узнал о скоропостижной смерти жены, которую похоронили еще до его приезда. Все это заставило Себастьяна искать новое место службы, и он отправился в Гамбург, где был объявлен конкурс на место органиста при церкви Св. Якоба. Несмотря на бесспорное превосходство над другими претендентами, должность ему получить не удалось – она досталось некоему Гейтману, давшему работодателю большую взятку.