Одним из первых и самых ревностных поборников протестантства в Финляндии был Микаэль Агрикола (1510–1557), сын финского рыбака, впоследствии абоский епископ. Он создал финский алфавит, перевел на финский язык сначала молитвенник, потом Новый Завет (1548 г.). Этим Агрикола положил начало финской письменности.

При Густаве Васа (1523–1560) началась колонизация северных мало заселенных земель, сопровождавшаяся решительной централизацией в экономике. Особенно быстро стали обживаться новые земли в Саволаксе (Саво), что привело к увеличению поступлений в казну налогов.

Понимая, что трудно управлять Финляндией из Стокгольма, Густав Васа в 1556 г. наделил своего сына Юхана титулом герцога Исконной Финляндии, что дало последнему возможность вести независимую политику.

После смерти Густава Васа в 1560 г. и вначале неудачной борьбы за власть со своим братом Эриком Юхан в 1568 г. стал королем Швеции (Юханом III), щедро вознаградив дворян за оказанную ему поддержку.

При Юхане III Финляндия получила статус Великого княжества в составе Шведского королевства, а титул Великого князя Финляндии был включен в полный титул короля Швеции, тогда же Финляндия получила и свой герб со львом.

При Карле IX (1599–1611) и в особенности при Густаве-Адольфе (1611–1632) центральная власть усилилась, введены были усовершенствования в администрации, упорядочены (но не уменьшены) налоги.

По Столбовскому мирному договору (1617 г.) Россия уступила Швеции обширную область – так называемый Кексгольмский округ. Православное и обрусевшее карельское население этой местности неохотно мирилось со своим новым положением. Когда русские войска при царе Алексее Михайловиче в 1656 г. вторглись в Карелию, население примкнуло к ним. Боясь мести шведов, православные карелы после отступления русских войск почти поголовно переселились в Россию, в основном на территорию сегодняшней Тверской области (нынешние тверские карелы – их потомки).

Большую роль в истории Финляндии середины XVII в. сыграл генерал-губернатор Пер (Петер) Браге (1637–1640 и 1648–1650 гг.). Он много сделал для поднятия экономического благосостояния страны и для распространения просвещения; главным его делом было основание университета в Або (1640 г.).

Время правления Карла XI было отмечено господством ортодоксального протестантизма. Преследуя, нередко весьма сурово, еретиков, церковь прибегала, однако, и к просветительным мерам. Особенно памятна деятельность в этом направлении епископов Терзеруса (1658–1664 гг.), Гезелиуса Старшего (1664–1690 гг.) и Гезелиуса Младшего (1690–1718 гг.). С этого времени среди финского населения начала распространяться церковная грамотность. В конце царствования Карла XI Финляндию постиг страшный голод, истребивший почти четвертую часть населения.

В 1697 г. на шведский престол вступил 15-летний Карл XII, а уже через три года, в 1700 г., Швеция была вынуждена начать войну со всеми соседними странами – Данией, Саксонией, Польшей и Россией, которые надеялись на легкую победу над шведами. Военные действия не затрагивали Финляндию долгие десять лет войны. Но весной 1710 г. русские начали кампанию по завоеванию Финляндии. Из-за отсутствия Карла XII и его равнодушия к укреплению северо-восточных границ королевства к 1714 г. часть страны (юг нынешней Финляндии) была завоевана. Оккупация Финляндии продолжалась вплоть до 1721 г., когда был заключен Ништадтский мир. Согласно условиям мирного договора к России отошли Лифляндия, Эстляндия, Ингерманландия и Карелия (Старая Финляндия).