Весной 1812 г. Чуйкевич отправился вместе с Барклаем, назначенным также главнокомандующим 1-й Западной армии, в Вильно. В начале июня 1812 г. он был командирован в Пруссию с военно-дипломатической миссией и использовал этот предлог для сбора разведданных о сосредоточенных вблизи границы и готовых к нападению войсках Наполеона[54].
Когда начались военные действия, Чуйкевич не стал отсиживаться в Главной квартире. Он отпросился и принял участие в рейде первого партизанского отряда под командованием генерала Ф. Ф. Винцингероде[55]. Затем, с 6 июля, как опытный штабной работник, он был назначен обер-квартирмейстером в казачий корпус М. И. Платова, к которому присоединился на марше в Старом Быхове. Командуя казачьими полками, участвовал во многих арьергардных делах при отступлении до Москвы и за отличие 15 августа 1812 г. по представлениям Платова и Барклая де Толли получил чин полковника[56].
Награжденный за Бородинское сражение орденом Св. Владимира 3-й степени, Чуйкевич перед оставлением русскими войсками Москвы, серьезно заболел[57], видимо, сказалось каждодневное напряжение от постоянных стычек и боев, и он удалился из арьергарда. Чуть подлечившись, он сопровождал М. Б. Барклая де Толли в Петербург после его отъезда из армии. В Петербурге Чуйкевич был вынужден, как единственный оставшийся из военных чиновников, 10 января 1813 г. вступить в управление Особенной канцелярией[58] (так стала называться секретная экспедиция в 1812 г.). Более в боевых действиях с французами он не участвовал, так как находился в этой должности до конца 1815 г., а 29 ноября 1816 г. вышел в отставку с мундиром. Но нельзя сказать, что 1813–1811 гг. были спокойными и мирными в жизни Чуйкевича. В 1813 г. он был командирован на усмирение крестьянских бунтов под Новгородом, Вяткой, Вологдой, Арзамасом и Астраханью, где даже получил ранение дробью в ногу[59].
В это время не сидел сложа руки он и как военный писатель. Верный своей привычке писать о важнейших событиях, свидетелем которых он был, Чуйкевич в 1813–1814 гг. опубликовал три книги, посвященные кампании 1812 г. («Покушение Наполеона на Индию 1812 года». СПб., 1813; «Затеи Наполеона в продолжении похода 1812 года». СПб., 1814; «Рассуждения о войне 1812 года». СПб., 1813). Его по праву можно причислять к первым историографам Отечественной войны.
Долго оставаться в отставке Чуйкевич не смог. 21 октября 1820 г. он вновь поступил на службу и был причислен к канцелярии Главного штаба. В 1821 г. его командировали «по особенному поручению» (так в то время часто именовались разведывательные задания) на международный конгресс в г. Лайбах (современная Любляна), а 12 декабря 1823 г. он получил чин генерал-майора. Последняя должность, которую он занимал с 25 октября 1829 г. ― начальник штаба Отдельного Оренбургского корпуса.
Несмотря на служебную занятость, Чуйкевич не оставлял занятий по военной истории. К 1829 г. он успел собрать 44 исторических журналов отдельных воинских частей, в которых содержался огромный по объему материал по боевой подготовке, быту и воинским традициям. Это обширное собрание послужило в будущем толчком для составления «Хроники российской армии». Сам же Чуйкевич не успел уже заняться подобным трудом, так как 17 августа 1831 г. был исключен из списков умершим[60].
Публикуемая записка П. А. Чуйкевича «Патриотическия мысли или политическия и военныя разсуждения…» хранится в Российском военно-историческом архиве (Ф. 494. Д. 14. Л. 1–14). Она была написана им после приезда вместе с военным министром в г. Вильно. По сути дела, этот документ можно рассматривать как обобщающий итог анализа разведданных о наполеоновской армии, накопленных русской военной разведкой в течение длительного времени. Не случайно и то, что автором записки стал Чуйкевич. Незадолго до этого произошла смена руководства главного разведывательного ведомства России ― Особенной канцелярии. Директор этого органа в 1810–1812 гг. полковник А. В. Воейков 19 марта 1812 г. был переведен по инициативе Александра I на должность командира 3-й бригады 27-й пехотной дивизии, поскольку оказался замешанным в деле М. М. Сперанского.