Напротив, в глазах правительства с самого начала восторжествовало учение Феофана Прокоповича. Ловкий иерарх, умевший мирить свободу мысли с зависимостью Церкви, слишком наглядно доказал власти преимущества своих протестантских теорий перед несговорчивым клерикализмом Стефана Яворского и его последователей. Та же причина содействовала преобладанию протестантского направления и в последующее время. Не говоря уже о немецком правительстве Анны, заподозрившем все православное духовенство в неблагонадежности, иерархи протестантского направления были наиболее удобными администраторами и для философски настроенной Екатерины II, и для мистически настроенного Александра I. Два знаменитых иерарха конца XVIII и начала XIX вв., митрополит Платон (Левшин) и московский владыка Филарет (Дроздов), не скрывали своих протестантских симпатий. Филарет в молодые годы горячо сочувствовал членам Библейского общества и говорил, что с их деятельностью начинается пришествие Царствия Божия. Нужно, однако же, помнить, что то было время, когда самые близкие к государю лица (М. М. Сперанский, князь Голицын и т. д.) держались мнений, сходных с духовным христианством, а английские методистские пасторы, содействовавшие образованию Библейского общества, высказывали в публичных речах надежду, что оно «откроет Греческой Церкви ее заблуждения, оживотворит ее веру и скоро создаст в России реформацию, как того желает и сам Государь». Такое увлечение вызвало усиленное противодействие, и, может быть, никогда чисто охранительный характер Восточной Церкви так сильно не выдвигался, как в царствование императора Николая I, немедленно после воцарения закрывшего Библейское общество.

Однако же для преподавания в четырех академиях, Московской, Петербургской, Казанской и Киевской, готовивших не только священников, но и учителей в семинарии, необходимо было, не ограничиваясь полемическими целями, вводить догматическое богословие. В сущности, вся последующая богословская литература, признанная официальной Церковью, состоит почти исключительно из руководств для преподавания или диссертаций на академическую степень. Комиссия духовных училищ (1808–1836) предусмотрительно поставила этим работам определенные границы, – как раз те самые, которые очень склонно было переходить неофициальное, светское богословие. Академическим преподавателям рекомендовалось не допускать в церковно-историческом изложении: 1) «усиленного критицизма, который оружием односторонней логики покушается разрушить исторические памятники (т. е. «высшей критики»); 2) произвольного схематизма, который воображает народ и его историю невольным развитием какой-нибудь роковой для него идеи (т. е. «гегелианство» и вообще философию) и 3) неосмотрительного политического направления». Впрочем, православным богословам, по существу, невозможно было переходить неподвижные границы, установленные соборами. Таким образом, первое по времени руководство к «Православнодогматическому богословию» преосв. Макария (Булгакова) (1849–1853 гг.) так характеризуется специалистом, доктором богословия, профессором Н. Н. Глубоковским: «Это грандиозная попытка научной классификации накопившегося догматического материала… Но ясно само собой, что автор тяготеет к прошлому, живет его традициями и руководится прежними методами. Для него догмат есть законченная теоретическая формула, обязательная во всей отвлеченной и непререкаемой законченности. По отношению к ней дозволительна лишь единственная научная операция – в обосновании ее истинности логически связанной взаимностью всех частей и подавляющей принудительностью внешних аргументов. Отсюда все построение неизбежно приобретает характер априорной сухости и книжной безжизненности, а научное развитие оказывается прямо схоластическим с утонченными подразделениями и теоретическими схемами… Мысль не столько принимает догмат и свободно соглашается с ним, сколько подчиняется ему насильственно». Выход из этих тисков богословская академическая мысль нашла в изучении исторического генезиса догмата. На этом основано «Православное догматическое богословие» преосв. Филарета (Гумилевского) (1-е изд. 1864 г.), где разумность догмата доказывается его сохранением вопреки еретическим отрицаниям и сектантским искажениям. На «историческом изложении догматов» всецело строится «Опыт православного догматического богословия» еп. Сильвестра (Малеванского) (1878–1891 гг.). Догмат, «откровенный» по идейной сущности, рисуется теперь жизненным и по своей формальной обязательности как богочеловеческий синтез, достигнутый в истории по происхождению и назначенный для истории по влиянию. Поскольку все-таки догматическое содержание учения разрабатывалось профессорами-академиками, они характерным образом выбирали для своих исследований тот же вопрос об искуплении крестной жертвой Христа, на котором сосредоточивалось и внимание светских богословов.