Заболевание может протекать как в острой, так и в хронической форме, различается по степени тяжести.

Типичное течение болезни начинается, как правило, постепенно, с появления первичной реакции (аффект). На месте уже зажившей царапины или укуса кошки возникает небольшая папула с ободком гиперемии кожи, затем она превращается в везикулу или пустулу, в дальнейшем становится небольшой язвочкой. Иногда гнойничок подсыхает без образования язвы. Первичный аффект чаще локализуется на руках, реже – на лице, шее, нижних конечностях. Общее состояние остается удовлетворительным. Через 15–30 дней после заражения отмечается региональный лимфаденит – наиболее постоянный и характерный симптом болезни. Иногда это чуть ли не единственный симптом. Повышение температуры тела (от 38,3 °C до 40 °C) отмечается лишь у 30 % больных. Лихорадка сопровождается другими признаками общей интоксикации (слабость, головная боль, анорексия и др.). Средняя длительность лихорадки – около недели, хотя у некоторых больных она может затянуться до месяца и более. Слабость и другие признаки интоксикации наблюдаются в среднем 1–2 недели.

Чаще поражаются локтевые, подмышечные, шейные лимфатические узлы. У некоторых больных (около 5 %) развивается генерализованная лимфаденопатия. Размеры увеличенных лимфатических узлов в пределах от 3 до 5 см, хотя у некоторых больных они достигают 8–10 см. Узлы, болезненные при пальпации, не спаяны с окружающими тканями. У половины больных пораженные лимфатические узлы нагнаиваются с образованием густого желтовато-зеленоватого гноя. Длительность поражения лимфоузлов от 2 недель до 1 года (в среднем около 3 месяцев). У многих больных отмечается увеличение печени и селезенки, которое сохраняется около 2 недель. У некоторых пациентов (5 %) появляется экзантема (краснухоподобная, папулезная, по типу узловатой эритемы сыпь), которая через 1–2 недели исчезает. На типичную клиническую форму приходится около 90 % всех случаев заболеваний.

Глазные формы заболевания наблюдаются у 4–7 % больных. Они развиваются, вероятно, в результате попадания на конъюнктиву слюны инфицированной кошки. Поражается, как правило, один глаз. Конъюнктива резко гиперемирована, отечна, на этом фоне появляется один или несколько узелков, которые могут изъязвляться. Значительно увеличивается лимфатический узел, расположенный перед мочкой ушной раковины (достигая размеров 5 см и более), который часто нагнаивается; длительность лимфаденопатии достигает 3–4 месяцев. После нагноения и образования свищей остаются рубцовые изменения кожи. Иногда увеличиваются не только околоушные, но и подчелюстные лимфатические узлы. Для острого периода болезни характерны выраженная лихорадка и признаки общей интоксикации. Воспалительные изменения конъюнктивы сохраняются в течение 1–2 недель, а общая длительность глазогландулярной формы болезни «кошачьей царапины» колеблется от 1 до 28 недель.

Изменения нервной системы отмечаются у 1–3 % больных. Они проявляются в виде энцефалопатии, менингита, радикулита, полиневрита, миелита с параплегией (воспаление спинного мозга с парезами мышц). Неврологические симптомы сопровождаются сильной лихорадкой. Появляются они через 1–6 недель после начала лимфаденопатии. При неврологическом исследовании выявляют диффузные и очаговые изменения. Возможно кратковременное расстройство сознания. Описаны случаи коматозного состояния. Таким образом, поражения нервной системы развиваются на фоне классических клинических проявлений болезни «кошачих царапин» (при тяжелом течении этого заболевания). Они могут рассматриваться и как осложнения данного заболевания.