Фатос Лубонья дебютировал как писатель в подростковом возрасте, опубликовав в журнале «Голос молодежи» («Zëri i Rinisë») несколько пропагандистских рассказов о партизанах, крестьянах и рабочих. Перелом в его сознании наступил после столкновения с сельской действительностью во время производственной практики. Тогда он стал описывать реалии албанской жизни без прикрас. Фатос понимал, что шансов на публикацию у него нет: такие произведения были бы восприняты как критика режима Энвера Ходжи.

В 1969–1974 годах Фатос изучал физику в Тиранском университете, получил распределение на работу учителем физики в город Буррел, но не приступил к работе, так как был арестован вместе с отцом. Фатос не успел даже защитить диплом. Был приговорен к 7 годам заключения за «агитацию и пропаганду против народной власти» и направлен в лагерь Спач, где до 21 февраля 1979 года работал на пиритовом руднике. В этот день он был арестован во второй раз. Сначала повторно обвинен во «враждебной агитации и пропаганде», а затем в «участии в контрреволюционной антисоциалистической организации с целью свержения народной власти». В мае 1979 года приговорен к 16 годам заключения. Продолжал отбывать наказание в Спаче, где четырежды отказывался от работы в руднике, за что каждый раз получал по месяцу карцера.

2 декабря 1979 года Фатос был выслан в лагерь Баллш, после чего последовательно отбывал наказание в Тьяфе-Бари, Спаче, Бурреле. Последний год заключения содержался в косовской тюрьме Мадхе. Вышел на свободу 17 марта 1991 года, за день до первых демократических выборов, вместе с последней группой политзаключеных.

Фатос быстро включился в деятельность, связанную с демократизацией Албании. В апреле 1991 – октябре 1992 года был секретарем Албанского Хельсинкского комитета. Ушел оттуда, когда понял, что комитет стал орудием в руках президента Сали Бериши, нарушающего права человека. С этого момента Лубонья не занимает никаких должностей, сосредоточившись на журналистской и литературной работе. Исключение он сделал один раз, в начале 1997 года, став одним из трех лидеров на «Форуме по вопросам демократии». Форум, на котором собрались представители девяти организаций и политических партий, призывал к спокойному диалогу в напряженной ситуации, вызванной падением финансовых пирамид, когда страна стояла на пороге гражданской войны.

Лубонья печатался на страницах изданий «Наше время» («Koha Jone»), «Албанская газета» («Gazeta Shqiptare»), «Века» («Shekulli») и «Курьер» («Korrieri»). В 1994 году он основал существующий до сих пор ежеквартальный журнал, посвященный культуре, – «Усилие» («Perpjekja»), чтобы, как он написал во вводной статье, «высвободить в сердцах албанцев склонность к мышлению, любви, сопереживанию и небезразличие к культуре как единому целому, а также нечто чуть большее, чем мужество, для распространения идеалов». Издатель и редактор Лубонья быстро собрал вокруг себя выдающихся представителей интеллигенции из Албании и Косова, и журнал был признан главным изданием общественно-культурной тематики.

В 1994 году Лубонья опубликовал свой дневник «На семнадцатом году», содержащий записи последнего года пребывания в коммунистической тюрьме, и повесть «Последний убой». Второй арест и приговор он описал в документальной повести «Второй приговор» (1996), ставшей потрясающим свидетельством судьбы мыслителя в тоталитарном государстве.

Деятельность Лубоньи оказала заметное влияние на самосознание албанцев в период преобразований. Он положил начало нескольким общенациональным дискуссиям, из которых наибольший отголосок имели две. Первая (1995) касалась взаимоотношений между албанцами Албании и Косова. В другой, проходившей в два этапа – в 1995 и 2002 годах, речь шла о роли литераторов, особенно Исмаила Кадаре, выдающегося современного албанского писателя, лауреата премии Букера 2005 года, несколько раз выдвигавшегося на Нобелевскую премию по литературе, в создании национал-коммунистической идеологии.