В дальнейшем Потемкин назначается командующим всей легкой кавалерией и всеми казачьими войсками, влияние графа Захара Чернышева сходит на нет, он подает в отставку. Президентом Военной коллегии вместо него становится Потемкин.

И почти все дела по борьбе с Пугачевским восстанием (с конца августа 1774 года) переходят в руки этого человека.

Петербург был в радости. Петербург то и дело получал с востока обольщающие известия: главная армия мятежников разбита под крепостью Татищевой, Пугачев из Берды бежал. Оренбург освобожден. Правительство было почти убеждено, что сила восстания сломлена, остается лишь успокоить население и переловить отдельные мятежные шайки, лишенные общей между собой связи.

Поэтому, назначая после кончины Бибикова главнокомандующим князя Щербатова, Екатерина определила ему возглавить лишь военные, действующие против Пугачева силы, а все административные дела, в том числе и усмирение бунтующего населения, предоставить губернаторам, каждому в своей губернии. Таким образом неограниченная власть, которою обладал Бибиков, была у нового главнокомандующего изъята. В Казани к тому времени скопилось сто семьдесят колодников-пугачевцев, в Оренбурге – до четырех тысяч семисот. Нужно было торопиться снимать с них допросы. И поэтому вместо одной были образованы две секретных комиссии: одна в Казани, другая в Оренбурге. Дополнительно отправляя в эти комиссии новых офицеров, Екатерина в своем указе, между прочим, писала, чтоб они «при допросах по тайным делам ни малейшего истязания не делали». А между тем в самой столице, охраняя престол Екатерины и не без ее, конечно, ведома, свирепствовал вовсю обер-секретарь Сената, палач «кнутобойник» Шешковский.

Уезжая из Казани в Оренбург, князь Щербатов доносил Екатерине, что в Казанской губернии «волнование народное совершенно прекращено и бывшие в предательстве – в законном повиновении находятся». Такого же мнения был и престарелый Брант.

Однако в казанских краях было не так уж спокойно, и «волнование народное», погаснув в одном месте, внезапно вспыхивало в другом. Между городами Мензелинском и Осою свободно бродили мятежники. Против них Брант отправил секунд-майора Скрипицына. Другой отряд под командой Берглина преследовал восставших башкирцев по реке Тулве. Тысячная толпа их отошла к северу и бродила по Пермской провинции, в Красноуфимске «колобродили» казаки, поджидавшие к себе Салавата Юлаева, скитавшегося с башкирцами за рекой Уфой.

Как только генерал Мансуров занял Липкий городок, ставропольские и оренбургские калмыки с женами, детьми, скотом, в числе шестисот кибиток, бежали в сторону Башкирии на соединение с Пугачевым. После нескольких упорных стычек с правительственными отрядами калмыки всякий раз разбегались, но снова сходились вместе. Около двух тысяч калмыков были настигнуты и разбиты на переправе через реку Ток. От полного пленения они спаслись чрез хитрость своего предводителя Дербетова. В разгаре боя он приказал зажечь степь. И вот степь заклубилась огнем и дымом. Ветер шел на солдат и казаков. Преследующий отряд стал задыхаться в дыму и пламени и вскоре, спасаясь от гибели, разбежался. Калмыки той порой перебрались через реку и пошли по самарской линии уничтожать мелкие крепости и форпосты. В конце концов высланный генералом Мансуровым из Яицкого городка значительный отряд стал преследовать Дербетова. Калмыки, спешно отступая, бросали на пути усталых лошадей, верблюдов и даже своих жен, спешили укрыться в вершинах Иргиза. Произошел бой, многие калмыки попали в полон и были отправлены в Оренбург; раненый их вождь Дербетов дорогою умер.