Акт вскрытия трупа Ханджяна был произведен не судебным экспертом-врачом, а патологоанатомом Джорбенадзе. Указанный акт в 1955 г. Главной военной прокуратурой был направлен судебно-медицинским экспертам. Главный судебно-медицинский эксперт Министерства обороны проф. Авдеев М.А. дал заключение, что обнаруженная, согласно записи в акте, у Ханджяна на голове огнестрельная рана не могла быть нанесена выстрелом из пистолета «Лигнозе» калибра 6,35 (который имелся у Ханджяна), а нанесена она пулей револьвера калибра не менее 7,5 мм. В извещении Заккрайкома ВКП(б) было указано, что Ханджян застрелился из револьвера (а не пистолета).

В момент гибели Ханджяна в Заккрайкоме ВКП(б) в гор. Тбилиси находилась тройка КПК при ЦК ВКП(б) в составе председателя Короткова И.И. (умершего несколько лет тому назад), партследователя т. Ивановой и третий член тройки не установлен, но, по заявлению Ивановой, им был Синайский-Михайлов.

В своем заявлении в КПК и в показаниях, данных Главной военной прокуратуре, тов. Иванова сообщает, что 9 июля 1936 г. вечером она, Коротков и Синайский работали в здании Заккрайкома ВКП(б). Вдруг в кабинете Берии раздались 2 выстрела. Тов. Коротков бросился в кабинет Берии и долго там задержался. Не дождавшись Короткова, Иванова и третий член парттройки ушли в гостиницу, куда позже вернулся и Коротков. На расспросы Ивановой Коротков ответил, что «произошло ужасное», о чем будет известно завтра. На другой день утром они в газетах прочитали извещение о самоубийстве Ханджяна, и Коротков тогда заявил: «Иезуит Берия убил Ханджяна». Предложение Ивановой немедленно сообщить об этом в Москву Коротков отклонил, также запретил и ей делать это, сказав, что «история разберется». 11 или 12 июля 1936 г. они поездом выехали в Москву. В купе вагона Коротков, любивший рисовать, на бумаге нарисовал кабинет Берии, где на ковре лежал окровавленный Ханджян. Иванова этот рисунок уничтожила. Она предполагает, что Коротков, бывший очевидцем этого происшествия, изобразил на бумаге представившуюся ему в кабинете Берии картину.

Сообщение Ивановой об убийстве Ханджяна в здании Заккрайкома находит подтверждение в таком факте: маляр Гаспарян, ремонтировавший дом, расположенный напротив квартиры Ханджяна, 9 июля 1936 г. вечером услышал выстрел и, выйдя на балкон, увидел, как от подъезда дома, где была квартира Ханджяна, отъехала автомашина Берии.

Отсюда возникает версия, что Ханджян, застреленный в кабинете Берии, был доставлен на машине последнего на квартиру и с целью инсценировки самоубийства был произведен выстрел. Через несколько минут Берия позвонил по телефону Ханджяну и вошедший по этому звонку в комнату Ханджяна охранник Саноян обнаружил лежащего на постели окровавленного Ханджяна. Осмотром на месте бывшей квартиры Ханджяна установлено, что в его комнату имелся второй вход с лестничной клетки, минуя переднюю и комнату обслуживающего персонала, через комнату, которую тогда занимали Аматуни и Гулоян.

Как показала жена т. Ханджяна т. Винзберг Роза и охранник Саноян, Ханджян, уезжая 8 июля 1936 г. из Еревана в Тбилиси, взял с собой принадлежащий ему пистолет «Лигнозе» малого калибра, другого оружия с собой он не брал. Кроме того, Ханджян сказал ей, что в Тбилиси решительно поставит вопрос об освобождении его от работы в Армении ввиду травли со стороны Берии, и если ему откажут, то проедет далее в Москву, для чего взял с собой необходимые вещи. Таким образом, при выезде из Еревана у Ханджяна мысли о самоубийстве не было.