В июне 1943 г. ночные бомбардировщики противника на центральном участке фронта активизировали свои действия, выводя из строя предприятия и железнодорожные станции, разрушая аэродромы и склады. Штурмовой авиации было приказано уничтожить аэродромы врага, с которых поднимались ночные бомбардировщики. После обнаружения одного из таких аэродромов в районе поселка Сеща группа штурмовиков в составе 12 самолетов Ил-2 под командованием майора Бондаренко с наступлением темноты вылетела на боевое задание. На пути к цели группа была встречена сильным заградительным огнем зенитной артиллерии и большой группой вражеских истребителей. «Оказавшись в огневом мешке, – вспоминал Михаил Захарович, – наши штурмовики не потеряли боевого порядка». Однако пришлось отказаться от ранее принятого плана и действовать согласно обстановке. Бондаренко умелым маневром поднял свою группу вверх и оттуда нанес удар по аэродрому. Удар оказался весьма эффективным. Из строя было выведено около 20 самолетов, взорван ангар и склад с боеприпасами, подожжены более 10 цистерн с горючим. Штурмовики стали возвращаться на свою базу. И тут их атаковали более десятка истребителей «фокке-вульф». Самолет Михаила Захаровича был поврежден, сильно пострадал киль, отбит один элерон, заклинило руль глубины. Однако он продолжал руководить своими подчиненными и вместе с ними приземлился на ближайшем аэродроме в прифронтовой полосе.

Однажды два штурмовика под командованием Бондаренко внезапно атаковали автоколонну противника, которая по проселочной дороге двигалась к фронту. Автомобили остановились. Из кузовов стали выпрыгивать немецкие солдаты. Но немногим удалось уйти от точных пулеметных очередей штурмовиков. Выполнив задачу, они повернули к своему аэродрому. В это время со стороны солнца наперерез им вышли шесть вражеских истребителей. Несмотря на численное превосходство противника и отсутствие прикрытия со стороны своих истребителей, Бондаренко, умело маневрируя, сбил один из самолетов врага и сразу же поспешил на помощь товарищу. Но тут штурмовик содрогнулся от удара. Глаза Михаила Захаровича заволокло туманом, он почувствовал, как лицо обрызгало горячим маслом из поврежденного мотора. Машинально потянул ручку управления на себя, но она не подчинялась: нарушены блоки управления. На помощь пришел второй штурмовик, который, то вырываясь вперед, то вновь возвращаясь назад, показывал направление полета. Оба штурмовика благополучно добрались до своего аэродрома. «Если вдуматься, то запоминаешь больше всего не то, что сделал сам. Запоминаешь то, что сделал для тебя в трудную минуту товарищ», так писал Бондаренко в статье «Они помогли мне в бою», опубликованной в «Известиях» 17 августа 1944 г. Это слова благодарности летчику, верному товарищу С.Н. Шитикову.

Дважды Герой Советского Союза маршал авиации А.Н. Ефимов, характеризуя М.З. Бондаренко, в своих мемуарах «Над полем боя» писал:

«Это был смелый и знающий боевой летчик. Обладал он к тому же редким даром: без назиданий и нравоучений умел передать молодым пилотам дорогой фронтовой опыт. То, что Бондаренко рассказывал, в то время нельзя было найти ни в одной книге. Опытный воздушный боец дотошно разбирал с нами тактику штурмовиков при полете к цели, в момент отражения атак вражеских истребителей, нанесения штурмовых ударов по объекту. Иной раз начинал рассказ с того, какими способами можно восстановить ориентировку, если летчик вдруг временно потерял ее в воздушном бою. И на каждый случай у майора Бондаренко были припасены убедительные примеры грамотных действий летчиков именно нашего полка. Об отважном штурмовике майоре Бондаренко – умелом воспитателе и чутком товарище – нам рассказали летчики при первой встрече. Слава о его боевых делах давно перешагнула границы нашей штурмовой дивизии. Человек удивительной храбрости в небе, он был скромен и даже застенчив в обыденной жизни. А вот о людях беспокоился больше всего. Он всегда был готов помочь каждому, кто к нему обратится. Поздно ночью, закончив расчеты на предстоящий боевой вылет, штурман обычно одним из последних приходил в землянку и валился на нары, чтобы утром снова продолжить свою многотрудную работу. В бою летчик преображался. Вера в оружие, воля к победе, точный расчет и неотразимый удар всегда приносили успех майору Бондаренко. Словно ураган, проносился он над объектом на малой высоте, неся гибель врагу. Многотонный штурмовик был удивительно послушен этому летчику на крутых разворотах боевого пилотажа. Разгоряченный боем, Михаил Захарович обычно сразу же после вылета анализировал действия каждого пилота, давал советы, указывал на промахи. Умел он внушить своим ведомым уверенность в победе над сильным и коварным врагом».