Молитвенные труды его в затворе, по свидетельству Саровских иноков, были велики и разнообразны. Как и в пустыни, он совершал теперь свое правило и все ежедневные службы, кроме божественной литургии. Сверх того, он предавался подвигу умной молитвы, читая в сердце попеременно то молитву Иисусову, то Богородичну. Иногда, стоя на молитве, старец погружался в продолжительное умное созерцание Бога: он стоял пред св. иконой, не читая никакой молитвы и не кладя поклонов.

В течение недели он прочитывал весь Новый Завет по порядку: в понедельник – Евангелие от Матфея, во вторник – от Марка, в среду – от Луки, в четверг – от Иоанна, в остальные дни – Деяния и послания св. Апостолов. В сенях, сквозь дверь, иногда слышно было, как он, читая, толковал про себя Евангелие и Деяния св. Апостолов. Деяния св. Апостолов он толковал вслух довольно продолжительное время. Многие приходили и слушали его слово в сладость утешения и назидание. Иной же раз он сидел над книгой, не перебирая листов, будучи весь погружен в созерцание чистой возвышенной мысли Св. Духа. Ни один орган тела его не шевелился: очи неподвижно устремлены были на один предмет.

В течение всех лет затвора старец во все воскресные и праздничные дни причащался Св. Тела и Крови Христовой.

Для сохранения во всей чистоте затвора и молчальничества пренебесные Тайны по благословению строителя Нифонта приносили ему из больничной церкви в келью после ранней литургии.

Чтобы никогда не забывать о часе смертном, чтобы яснее представить и ближе видеть его пред собой, о. Серафим сделал себе гроб и поставил его в сенях затворнической кельи. Здесь старец часто молился, готовясь к исходу от настоящей жизни. Отец Серафим в беседах с Саровскими братиями часто говорил насчет этого гроба: «Когда я умру, умоляю вас, братия, положите меня в моем гробе».

Из сокровенных подвигов этого времени нечаянно сделался известен один, в котором с духовным деланием старец соединял телесный труд, освежая грудь свою чистым воздухом. Это открыл случайно брат, исполнявший в монастыре послушание будильщика. Однажды утром, вставши ранее обыкновенного, послушник отправился на кладбище близ соборного храма, где почивают достоблаженные и приснопамятные пустынники. Находясь среди памятников, брат приметил у кельи о. Серафима человека, который двигался быстро взад и вперед. Воображение инока встрепенулось. Он оградил себя крестным знамением и с молитвой стал всматриваться в ночное видение. Оказалось, это был сам подвижник, старец Серафим. Читая чуть слышно молитву Иисусову, он переносил тихонько небольшую поленницу дров с одного на другое ближайшее к келье место. Обрадованный видением затворника, который давно никому не являлся, будильщик бросился к нему в ноги и, целуя их, просил его благословения. Старец, благословив его, сказал: «Оградись молчанием и внимай себе».

Старец провел в затворе около пяти лет, потом несколько ослабил внешний вид его. Келейная дверь у него была открыта: всякий мог прийти к нему, видеть его, старец не стеснялся присутствием других в своих духовных занятиях. Некоторые, вступив в келью, предлагали разные вопросы, имея нужду в советах и наставлениях старца; но, принявши на себя обет молчания пред Богом, старец на вопросы не давал ответов, продолжая обычные занятия.

Тамбовские архиереи, любя Саровскую пустынь, с усердием посещали ее, обыкновенно раз в год в августе месяце, на храмовый праздник Успения Богородицы. В одно из таких посещений епископ Иона (впоследствии экзарх Грузии), желая видеть о. Серафима, пришел было к его келье, но старец, твердо исполняя свои обеты пред Богом и опасаясь человекоугодничества, не нарушил своего молчания и затвора. Отец Серафим в настоящем обстоятельстве мог руководствоваться еще примером Арсения Великого, которому подражал в подвигах затвора и молчания. Феофил, архиепископ Александрийский, желая прийти к Арсению, послал наперед узнать, отворит ли он ему двери? Арсений отвечал: «Если для тебя отворю, то и для всех отворю». Феофил сказал: «Лучше мне не ходить к нему». Так и о. Серафиму еще не наступило время – хотя и недалеко уже оно было – оставить затвор. Игумен Нифонт предлагал было снять двери с крюков, думая, вероятно, не отошел ли старец уже ко Господу; но преосвященный Иона не согласился на это, говоря: «Как бы не погрешить нам». Оставив старца, он удалился в мире из обители. Через неделю после этого случая прибыл в Саров тогдашний тамбовский губернатор Александр Михайлович Безобразов, с ним была жена его, и оба они пожелали принять благословение о. Серафима. В это время, видно, окончился срок строгого затворничества и молчания, положенный на сердце о. Серафимом. Когда губернатор с женой подошли к келье, старец сам отворил первым им двери своего затвора и благословил их. Это было через десять лет после начала затвора. С этого времени начали приходить к нему многие из братии, с которыми он стал уже вступать в беседу.