Несмотря на то что отец Иоанн окончил академию на много лет раньше владыки Феофана, в стенах академии сохранилась студенческая память о студенте Иоанне Ильиче Сергиеве. Будущий светоч Кронштадтский и Всероссийский имел обыкновение в свободное от лекций время уединяться в пустой аудитории. Читая святителя Иоанна Златоуста, будущий великий церковный пастырь молитвенно радовался о великом Святителе, восторгаясь душевно от прочитанного. Владыка Феофан всегда отмечал, говоря об отце Иоанне Кронштадтском, присущую ему непосредственность, свидетельствовавшую о его сильной вере, чистоте и девственности его души. Батюшка Иоанн всегда был чистым и непосредственным, как дитя.

Владыка Архиепископ, будучи еще архимандритом и инспектором Санкт-Петербургской Духовной академии, принял участие в похоронах великого пастыря в 1908 году.

В 1896 году Василий Димитриевич назначен доцентом Санкт-Петербургской Духовной академии по кафедре Библейской истории. На третьем году своей профессорской деятельности, в 1898 году, он принимает монашество с именем Феофан в честь преподобного Феофана исповедника, епископа Сигрианского, и в благоговейную память Преосвященного Феофана, Затворника Вышенского. В том же году его рукополагают в сан иеродиакона и иеромонаха.

В 1901 году Высокопреосвященным митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Антонием (Вадковским) в домовой церкви Санкт-Петербургской Духовной академии он был возведен в сан архимандрита с определением исполняющего обязанности инспектора академии.

Святитель Феофан, Затворник Вышенский

Митрополит Антоний вручил архимандриту Феофану посох.

В связи с этим назначением архимандрита Феофана на должность инспектора академии надо отметить особую черту отца Феофана как монаха.

В уставе академии сказано, что инспектор должен иметь научную степень магистра и поэтому обязан подать сочинение на соискание этой научной степени.

Современное издание. Киев, 2004

Но архимандрит Феофан на такое соискание сочинения не подал, хотя работа и была написана. Поступил он так потому, что он как монах, давший обет нищеты и смирения, не мог искать, желать и добиваться славы ученого. Это противоречит обетам монашества. Работа лежала в его столе несколько лет, пока наконец иной профессор, в его отсутствие, не взял его научную работу и не подал в академический Совет. Тема сочинения была: «Тетраграмма, или Божественное ветхозаветное Имя». Работа эта явилась магистерской диссертацией по кафедре Библейской истории Ветхого Завета. Она вышла из печати в 1905 году и очень высоко была оценена научной критикой как в России, так и за границей. Она была удостоена громкого эпитета: «Знаменитая Тетраграмма»! В ней автор рассмотрел вопрос о правильном произношении Имени и сделал вывод, что произношение «Иегова» – результат неверного прочтения, тогда как, судя по многим древним свидетельствам, правильно оно должно произноситься как «Яхвэ». В ней он также исследовал вопросы о значении, происхождении, древности и употреблении Божественного ветхозаветного Имени. Но однако, когда книга появилась в продаже, как сам архиепископ Феофан передавал:

«Я объехал на извозчике все книжные магазины и склады столицы и все книги (“Тетраграммы”) скупил и сжег!»

Так отец Архимандрит боролся против славолюбия в себе.

В этом случае, как и в других подобных, он спрашивал духовного совета у благодатных старцев, особенно у таких, как известные иеросхимонахи Алексий Валаамский, Исидор и Варнава Гефсиманские. Во всех обстоятельствах он шел путем старческого совета, безжалостно отсекая все, что противоречило предуказанному пути. Он и завещанную ему библиотеку профессора А.П. Лопухина передал Духовной академии. И нет ничего удивительного в том, что многие люди, не понимая, почему он так поступал, злословили его и смеялись над ним.