Но когда адмирал Колчак издал приказ об отрешении Семёнова от всех должностей и направил в Читу отряд под командованием полковника Волкова, командование 3‐й японской дивизии, расквартированной в Забайкалье, отказалось его пропустить. В конфликт попытались вмешаться союзные представители во Владивостоке, но и им японцы заявили, что не допустят смещения Семёнова, поскольку его отряды «поддерживают спокойствие в местах их расположения». Атаман И.П. Калмыков, обосновавшийся в Хабаровске, проводил аналогичную политику, направленную на создание казачьей автономии на Дальнем Востоке.

Временное правительство осенью 1917 г. сформировало корпус из военнопленных чехов и словаков. Сделано сие было в нарушение всех Гаагских конвенций, запрещавших формирование военных частей из военнопленных.

До марта 1918 г. Чехословацкий корпус дислоцировался в тылу Юго-Западного фронта. Корпус состоял из двух дивизий и запасного батальона (численностью около 30 тыс. человек). Командовал корпусом генерал В.Н. Шокоров, начальником штаба был назначен генерал М.К. Дитерихс.

Несмотря на заявления о невмешательстве в политическую борьбу в России, командование корпуса и руководство Чехословацкого национального совета (Филиал в России; ЧНС) поддерживали российские контрреволюционные силы – украинскую Центральную раду, Добровольческую армию, организации Б.В. Савинкова и правых эсеров.

В связи с Брест-Литовскими переговорами 1918 г. по согласованию с державами Антанты 15 (28) января 1918 г. корпус был объявлен автономной частью французской армии. Вслед за этим перед Советской Россией был поставлен вопрос о его переброске в Западную Европу.

Во второй половине марта основные силы корпуса покинули Украину, остались лишь чехословацкие интернационалисты, сражавшиеся в рядах Красной армии против австро-германских оккупантов. 26 марта советское правительство заявило о своей готовности оказать содействие эвакуации чехословацких частей через Владивосток при условии их лояльности и сдачи основной части вооружения в назначенных для этого пунктах.

Между тем 2 мая 1918 г. Верховный Совет Антанты принял решение использовать чехословацкие части в интервенции на Русском Севере и в Сибири. На восток чехословаки отправлялись в 63 военных составах, по 40 вагонов каждый. Первый эшелон выехал 27 марта и месяц спустя прибыл во Владивосток.

Поводом антисоветского восстания послужил челябинский инцидент. 14 мая 1918 г. в Челябинске встретились эшелон с вооружёнными чехословаками и эшелон с безоружными пленными венграми, отпущенными большевиками домой по условиям Брестского договора. В те времена между чехами и словаками, с одной стороны, и венграми – с другой, были сильнейшие национальные антипатии.

В итоге брошенной из венгерского эшелона чугунной ножкой от печки был тяжело ранен чешский солдат Франтишек Духачек. В ответ чехословаки линчевали виновного, по их мнению, военнопленного – венгра или чеха Иогана Малика. Ему были нанесены несколько штыковых ударов в грудь и шею. А большевистские власти Челябинска на следующий день арестовали нескольких чехословаков.

Позже арестованных отпустили целыми и невредимыми, но повод был найден. 17 мая чехословаки захватили челябинский арсенал (2800 винтовок и артиллерийскую батарею).

После этого они, разгромив брошенные против них превосходящие силы Красной гвардии, заняли ещё несколько городов, свергнув в них советскую власть. Чехословаки стали занимать города, лежащие у них на пути: Челябинск, Петропавловск, Курган, – и открыли себе дорогу на Омск. Другие части заняли Новониколаевск (Новосибирск), Мариинск, Нижнеудинск и Канск. В начале июня 1918 г. чехословаки вошли в Томск.