Создается впечатление, что Холмса не удовлетворяло время, проведенное в университете, – даже занятия. На протяжении всей жизни он предпочитал следовать своим собственным интересам, нежели придерживаться официального курса обучения. Эту тенденцию можно проследить уже в детстве: он читал детективы, которые, вне всякого сомнения, не входили в школьную программу и в список рекомендуемой литературы.
По его собственным словам, поступая в университет, он уже с головой погрузился в свои идеи о преступлении и его раскрытии. В течение следующих лет он разработал на их основе свои теории научной дедукции и анализа, основанные на тщательном изучении материальных улик и их логическом истолковании, а не на догадках. Однако эта теория не исключала применения интуиции и «научного использования силы воображения». Позже он критиковал полицию за отсутствие воображения и интуиции.
Холмс признает, что редко общался с другими студентами, предпочитая размышлять над своими идеями. Правда, он, должно быть, обсуждал их со своими знакомыми, так как позже скажет Уотсону, что его методы уже начали создавать ему репутацию среди студентов. Эти контакты оказались для него полезными после того, как он покинул Оксфорд.
Несмотря на свою необщительность, он приобрел двух друзей, с одним из которых был особенно близок. Это был Виктор Тревор, бультерьер которого укусил Холмса за лодыжку, когда однажды утром он шел в церковь. Между прочим, это единственный случай, зафиксированный в рассказах о Холмсе, когда он посетил церковную службу. Ему пришлось лежать десять дней, и Тревор регулярно заходил справляться о его здоровье. В результате этих визитов возникла их дружба. Вторым был Реджинальд Месгрейв, учившийся в одном колледже с Холмсом. Это было не особенно близкое знакомство, но Месгрейва заинтересовали теории Холмса. Благодаря этим однокашникам он позже занялся двумя из своих самых ранних дел.
Однако были у Холмса в студенческие времена и развлечения. Он много времени тратил на фехтование и бокс – единственные виды спорта, которыми занимался в университете. В боксе у него были блестящие успехи: по словам Уотсона, он был одним из лучших боксеров в своем весе, которых тому доводилось видеть. Это подтверждает и профессиональный боксер Мак-Мёрдо, с которым Холмс дрался несколько раундов во время бенефиса первого. Мак-Мёрдо заявил, что Холмс мог бы стать профессионалом. Холмс не рассказывает, выступал ли он в соревнованиях по боксу или фехтованию за свой колледж или университет, и нет никаких свидетельств, что он был членом университетской команды.
По-видимому, Холмс проучился в университете всего два года вместо обычных трех и не получил степень, поскольку не сдал заключительные экзамены. Однако существует путаница даже насчет этого факта. В одном случае Холмс говорит о двух годах, которые он провел в колледже, в другом же упоминает о «последних годах моего пребывания в университете», из чего следует, что он провел там по крайней мере три года. Возможно, Уотсон не расслышал или неверно процитировал Холмса и второе замечание следует понимать как «мой последний год в университете». Если это так, то Холмс покинул университет в 1874 году, когда ему было двадцать лет.