Николай Утин в казематах Петропавловской крепости пробыл недолго. После своего освобождения он стал одним из «депутатов», которые распределяли пособия товарищам, выпушенным из заключения, а затем с товарищами был инициатором и распорядителем Вольного Университета в городской думе. Он был автором адреса, который предполагали слушатели Вольного Университета подать министру народного просвещения о возвращении профессора Павлова, сосланного за речь о 1000-летии России.

Хотя этим его антиправительственная деятельность не ограничилась. Николай Исаакович Утин участвовал в распространении прокламаций и поддерживал контакты с Николаем Гавриловичем Чернышевским. Фактически, он регулярно информировал автора романа «Что делать» о студенческом движении в Российской империи.

Николай Исаакович Утин вместе с публицистом Лонгином Федоровичем Пантелеевым был одним из главных основателей и деятелей университетского кружка, вошедшего составной частью в тайное общество «Земля и Воля». Вскоре после ареста Николая Александровича Серно-Соловьевича кружку пришлось взять на себя роль центра тайного общества. Николай Исаакович Утин вместе с Лонгином Федоровичем Пантелеевым был автором прокламации «К образованным классам», он же редактировал № 1 и 2 журнала, точнее, листка, под названием «Свобода».

С 1862-го по 1864 год из-за студенческих волнений Петербургский университет был закрыт. Несмотря на это, Николай Исаакович Утин не только поддерживал связи с бывшими студентами, но и продолжал заниматься антиправительственной деятельностью. При этом он использовал ресурсы очень большого кружка, известного под именем «петербургской коммуны», во главе которого стояли Судакевич и Островский. Когда типографии общества «Земля и Воля» стала угрожать опасность провала, то, по распоряжению Николая Исааковича Утина, она была переведена в имение Мариенгаузена Люцинского уезда Витебской губернии, где вольнослушатель петербургского университета Д. Степанов, студент Михаил Вейде и отставной штабс-капитан Жуков отпечатали 300 экземпляров издания «"Земля и Воля" – журнал, издаваемый обществом "Земля и Воля"». Весь тираж был лично уничтожен «заказчиком» из-за плохого качества исполнения.

В феврале 1863 года Николай Исаакович Утин организовал новую типографию в Островском уезде Псковской губернии. Там и были задержаны указанные выше исполнители при попытке напечатать журнал. «Типографы» не только сообщили полиции имя своего руководителя, но и заявили, что он является хранителем печати тайного общества.

Николай Исаакович Утин, заранее предупрежденный о готовящемся аресте, бежал за границу. А место в тюремной камере мог занять его отец, но власти были милосердны не только к старику, но и к его сыну, учитывая деяния последнего за границей.

Если не вдаваться в детали политической жизни российских эмигрантов в Швейцарии в 60—70-е годы XIX века, то главным достижением Николая Исааковича Утина стал раскол в Интернационале (Международном Обществе рабочих, как именовали его иногда чиновники Департамента полиции) и учреждение им «первой русской секции». Фактически во главе российского рабочего движения стал еврей. Другое дело, что марксисты в Российской империи не то чтобы были «страшно далеки от народа», а вообще и о Карле Марксе знали мало. Также он прославился своими склоками с анархистами, интересы которых в Женеве представлял Михаил Александрович Бакунин.

В середине 70-х годов XIX века Николай Исаакович Утин постепенно отошел от политики и занялся бизнесом– выступал в роли торгового представителя российских металлургических компаний. В конце 70-х власти позволили ему вернуться в Российскую империю. Конец жизни он провел на Урале, управляя Сергинско-Уфалейскими горными заводами Гинцбурга.