Вскоре Замечник и его коллега Малон Хогланд сделали еще более неожиданное открытие: оказалось, что аминокислоты перед встраиванием в полипептидные цепочки связываются с мелкими молекулами РНК. Результат их озадачивал, пока я не рассказал им об адапторной теории Крика. Впоследствии они подтвердили версию Крика о существовании специальных малых адапторных РНК и специальных ферментов, ковалентно присоединяющих аминокислотные остатки к этим РНК. Согласно гипотезе Крика, каждой аминокислоте соответствует свой вид адапторной РНК и свой фермент, присоединяющий только данную аминокислоту к данному адаптеру. С другой стороны, адапторная РНК имеет нуклеотидный триплет (впоследствии названный антикодоном), комплементарный соответствующему кодону матричной РНК. Таким образом, узнавание кодона аминокислотой не является непосредственным, а осуществляется через систему «адапторная РНК – фермент». Специфический фермент узнает одновременно аминокислоту и определенную адапторную молекулу, так что они оказываются соединенными, в свою очередь, адаптер (с навешенной аминокислотой) узнает определенный кодон матричной РНК, так что присоединенная аминокислота становится приписанной именно данному кодону.

До открытия транспортной РНК считалось, что вся клеточная РНК служит матрицей для ДНК, но, несмотря на значительные различия нуклеотидного состава ДНК, размер и нуклеотидный состав РНК в рибосомах различных бактерий оказались весьма близкими. Кроме того, к этому времени стало ясно, что перенос информации осуществляется при помощи относительно нестабильной, короткоживущей формы РНК, тогда как рибосомная РНК оказалась очень стабильной. Эксперименты, проводившиеся в Институте Пастера в Париже, позволяли предположить, что большинство матриц для сборки бактериальных белков на самом деле недолговечны. Тем более странным оказалось то, что последовательности оснований в двух цепочках рибосомальной РНК никак не соответствовали последовательностям оснований на соответствующих участках хромосомной ДНК.

Разобраться с этими парадоксами удалось в 1960-е годы, когда была открыта третья форма РНК – матричная. Оказалось, что она и есть настоящий шаблон для сборки белков. Эксперименты, проведенные в моей гарвардской лаборатории, а также выполненные в Кембридже и Калифорнийском технологическом институте Мэттом Мезельсоном, Франсуа Жакобом и Сиднеем Бреннером, показали, что рибосомы – это, в сущности, молекулярные фабрики. Матричная РНК напоминает перфокарту из компьютера первого поколения и является программой для синтеза белка. Эта РНК переносится из ядра в цитоплазму клетки, где она связывается с рибосомами, настоящими молекулярными «машинами» для синтеза белка. Белок синтезируется из активированных аминокислот, присоединенных к особым транспортным РНК, причем каждая из аминокислот присоединена к своей специфической транспортной РНК, благодаря которой аминокислота фиксируется в каталитическом центре рибосомы, где она «пришивается» к синтезируемой белковой цепи таким образом, что аминокислоты сначала выстраиваются в правильном порядке, а уже затем химически связываются в полипептидные цепочки.

К тому моменту генетический код еще не был расшифрован, оставались вопросы механизмов, по которым последовательность нуклеиновых кислот транслируется в упорядоченную полипептидную цепочку. В 1956 году Сидней Бреннер изложил соответствующие теоретические проблемы в рукописи «Клуб галстуков РНК». В сущности, они сводились к следующему: как можно закодировать, какая именно из двадцати аминокислот должна быть установлена на конкретном участке белковой цепочки, если алфавит ДНК состоит всего из четырех «букв» – А, Т, Г и Ц? Разумеется, отдельно взятого нуклеотида, который мог бы иметь одну из четырех ипостасей, и даже двух нуклеотидов было бы недостаточно. В таком случае просто не мог бы работать механизм, допускающий 16 вариантов преобразований (4 × 4). Чтобы закодировать отдельно взятую аминокислоту, требуется минимум три нуклеотида (триплет). Но триплет обеспечивает поразительную избыточность – допускает 64 варианта преобразований. Поскольку код требует всего 20 аминокислотных остатков, означает ли это, что большинство аминокислот можно закодировать несколькими вариантами триплетов? Если так, то совершенно реалистичным мог бы оказаться и «квадруплетный» код (4 × 4 × 4 × 4), допускающий 256 преобразований и подразумевающий еще более значительную избыточность.