По мнению Гримберг, «“сотрудничество” Софьи и Хованских осуществлялось на возможности компромисса». В чем же он состоял? Исследовательница полагает, что «претензии Хованских не были тайной для Софьи, и компромиссный вариант заключался в браке Андрея, сына Хованского, с одной из царевен, Софьиных сестер». Впрочем, она допускает, что речь могла идти и о браке с самой Софьей. На чем же строится такое предположение? Гримберг ссылается на любопытный факт, приведенный Г. А. Власьевым в его труде «Потомство Рюрика. Материалы для составления родословной», изданном в 1907 году, т. е. еще во времена правления последнего Романова. В нем указывается, что Андрей Хованский был женат на Анне Прозоровской, урожденной Щербатовой, вдове князя Прозоровского. Но ведь современники, писавшие о «Хованщине», ни о какой Анне не упоминают! Может быть, она являлась женой какого-то другого представителя рода Хованских? А если и была женой князя Андрея, то, по мнению Гримберг, он мог легко расторгнуть эти брачные узы, так как «браки в Московии не отличались прочностью; “неугодную” супругу, если ее род не был богат и влиятелен, всегда можно было отослать в монастырь…» Но в таком случае, если следовать логике исследовательницы, «Хованские предполагали для Софьи или одной из сестер замужество с представителем их рода, для которого этот брак явился бы вторым, то есть такое замужество для “царевны” оказывалось как бы вдвойне “непрестижным”». И все-таки Гримберг допускает, что «Софья могла лишь делать вид, будто соглашается на подобный вариант». Она не могла не понимать, что ничего хорошего подобный брак ей не сулил: Хованские быстро отстранили бы ее от власти. Но, видимо, именно в этом мнимом согласии и состоял компромисс, на котором основывалось «сотрудничество» Софьи с князем Хованским. И хотя документально это предположение ничем не подтверждено, дальнейший ход событий может свидетельствовать о его правомерности.

А развивались они, как мы уже знаем, весьма бурно и стремительно. Расправившись с Нарышкиными-Матвеевыми, Хованские поставили вопрос о созыве очередного феодально-церковного представительства страны – Земского собора. Хотя Софья и не спешила со свадьбой, они хорошо понимали, что ждать и бездействовать нельзя. Но именно в преддверии Собора ими была допущена ошибка, стоившая жизни многим участникам «Хованщины». Она состояла в том, что перед его проведением Хованские заручились поддержкой антиромановски настроенных церковников-раскольников. Но поскольку таковые в составе Собора были в меньшинстве, большая часть церковников не поддержала Хованских и он не состоялся. А для них самих эта политическая интрига закончилась трагически: отец и сын Хованские были казнены.

Правление Софьи по закону было временным, и чем ближе становились даты совершеннолетия ее подопечных, тем сложнее ей было найти рычаги для удержания власти в своих руках. Вот что пишет по этому поводу Ф. Гримберг: «Трудно понять, на что рассчитывала Софья в дальнейшем, кому намеревалась передать престол. Брат ее Иван, кажется, не отличался особенной политической активностью, с ним Софья, вероятно, могла бы договориться. Важным ее противником был юный Петр. Намеревалась ли она убить Петра?» По всей вероятности, да. По крайней мере, о намерении правительницы расправиться со сводным братом пишет в своем описании стрелецких выступлений Андрей Артамонович Матвеев.

Доподлинно известно, что в отчаянной попытке укрепить свои позиции Софья летом 1689 года велела стрелецким полкам захватить Преображенское, где находился Петр со своей семьей и матерью, и перебить всех его сторонников. В сумятице очередного кровопролития легко мог погибнуть и он сам. Но за день до стрелецкого бунта в лагерь Петра переметнулись двое стрельцов, которые и донесли ему о планах царственной сестрицы. Тот успел укрыться в Троице-Сергиевом монастыре, а уже на следующий день туда прибыл собранный им Преображенский полк. Это вызвало тревогу в лагере Софьи. Правительница даже предприняла несколько попыток к примирению с братом, но все они окончилось неудачей. Между тем, военные силы, на которые она рассчитывала опереться, с каждым днем таяли. Солдатские и стрелецкие полки, возглавляемые окольничим Федором Шакловитым, удержать в повиновении не удалось. Они не рискнули вступить в бой с солдатами Петра.