Одновременно с решением проблем с внешними врагами Михаил принимал все меры для снижения внутренней напряженности в стране, которую продолжали разорять отряды бывших сподвижников Тушинского вора. Они опустошили земли по Северной Двине, города Ромсанов и Углич. Только в конце 1613 года правительственным войскам удалось окончательно разбить разбойничьи отряды А. Лисовского. Тем временем войско атамана И. Заруцкого двинулось к Астрахани, где он планировал создать новое государство во главе с сыном Марины Мнишек. Более всего Михаил опасался влияния Заруцкого на неустойчивую среду вольного казачества. Воспрепятствовать этому должны были разосланные по всей стране правительственные грамоты, изобличающие «злодейство и неправды» атамана и призывавшие казаков не приставать к нему. Особая грамота была послана к жителям Астрахани, которым царь обещал, что если они «отстанут от воров», то он всех их простит. Для подкрепления обещаний донским и волжским казакам было послано царское жалованье, провиант и одежда. Но астраханцы и так были недовольны Заруцким, который особенно не жаловал православное духовенство: грабил монастыри, убивал служителей церкви, а из серебряного кадила Троицкого собора приказал сделать себе стремена. Такие действия вкупе с мерами правительства привели к тому, что казацкие отряды стали переходить на царскую службу. В мае 1614 года астраханцы восстали против новоявленных правителей и те вынуждены были бежать на реку Яик, но были схвачены и доставлены в Москву. Дальнейшая их судьба уже известна. Что же касается примыкавших к Заруцкому казаков, то они были прощены и взяты на царскую службу.

Если на юге страны обстановка стабилизировалась, то на севере все еще было неспокойно: в Вологодском, Каргопольском и Белозерском уездах отряды из местных жителей под командой атамана Баловня грабили и выжигали целые деревни. Михаил стремился погасить этот военный очаг мирным путем. 1 сентября по его инициативе в Ярославль была направлена делегация для переговоров с бунтарями. Она уведомила их, что царь не хочет воевать со своими подданными и готов простить им все «вины», если они оставят разбои и вместе с воеводой Л. Вельяминовым за хорошее вознаграждение примут участие в походе на Тихвин против шведов. Но далеко не все они «отстали от воровства». Против отрядов Баловня, которые сначала осадили Вологду, а потом подошли к Москве, летом 1615 года были брошены царские войска. Они разгромили их сначала у стен столицы, а потом под Малоярославцем. Но окончательной стабилизации обстановки в стране поспособствовали повсеместное определение вольных казаков на царскую службу с указанием формы оплаты и указ о переводе в вотчины поместий участников обороны Москвы, среди которых было немало представителей казачества. В результате к 1620 году в центральных районах России уже фактически не осталось вольных казаков.

Что касается экономического развития страны, то первейшая задача Михаила состояла в организации сбора средств для разграбленной царской казны. Поскольку во время бурных событий Смутного времени архивы приказов были уничтожены, новое правительство не знало ни источника своих доходов, ни того, сколько и на что следовало выделять денег. В первую очередь, необходимо было восстановить прежний порядок сбора податей и налогов. Но на это требовалось немало времени, а деньги нужны были сейчас. И тогда царь обратился за помощью к богатым промышленникам и купцам. В частности, он попросил купцов и заводчиков Строгановых выплатить налоги за все Смутное время, а также дать денег взаймы «для крестьянского покою и тишины», пообещав вернуть долг «как деньги в казне будут». И те не пожалели средств для спасения государства: дали и денег, и продуктов, и всяких других товаров для материального обеспечения ратных людей. Откликнулись на призыв Михаила и другие богатеи.