Как отметил Сергей Соловьев, многие сподвижники царя стали отождествлять себя с государством и смотреть на казенные деньги как на собственные, полагая, что право на это дают их великие заслуги. А немалые заслуги перед державой имел и Матвей Петрович. Всем было известно, что он стяжал себе славу любимца Петра I. Голштинец граф Хеннинг Фридрих фон Бассевич, оставивший известные «Записки о России при Петре Великом», заявил о Гагарине, что «царь уважал его за многие прекрасные качества». И в самом деле, князь рано поступил на государеву службу и нес ее успешно, с радением. Он обратил на себя внимание Петра уже в 1701 году, когда руководил строительством шлюзов и каналов, соединением Волги и Дона. Задалась у Гагарина и служба в качестве московского коменданта с мая 1707 года. Но главным образом карьера Матвея Петровича была связана с Сибирью: он служил там и товарищем при брате, иркутском воеводе Иване Гагарине, затем стал нерчинским воеводой, побывал судьей, а с 1706 года – главой Сибирского приказа. Оказавшись во главе Сибирской губернии в марте 1711 года, Гагарин вполне успешно справлялся с главными своими обязанностями: при нем возросли сборы налогов, рекруты из Сибири пополняли действующую армию, было закончено строительство тобольского кремля, в Китай отправлялись торговые караваны, развивались дипломатические отношения с восточными соседями России. А один современный панегирист князя восторгался тем, что тот в продолжение трехлетнего срока раздал пленным, сосланным в Сибирь, 15 тысяч рублей.

Однако постепенно образ рачительного губернатора, радетеля интересов Отечества начал блекнуть. Огромная власть и почти полная бесконтрольность открывали большие возможности для злоупотреблений и коррупции, чем и занялись с присущим им рвением и сам Гагарин, и его родственники, которых он постарался определить на самые выгодные должности. Особенно много возможностей предоставляли торговые дела с Китаем, Средней Азией и казахскими народами. Князь развернулся во-всю и, используя заниженные сведения о доходах, составил себе крупное состояние.

Уличать его в казнокрадстве начали уже в 1714 году. Заподозрив неладное, царь поручил архангельскому губернатору, полковнику Григорию Волконскому отправиться в Сибирь и провести на месте тщательное расследование действий Гагарина. Но Екатерина Алексеевна, которой сей сибирский начальник часто посылал знатные подарки, попросила закрыть на все глаза и дать о нем самый благоприятный отзыв. И все же Гагарин стал жертвой усердия обер-фискала А. Я. Нестерова. Последний был выходцем из крестьян, и ему претили родовитые аристократы. (Забегая вперед, скажем, что в 1724 году этот адепт справедливости сам будет казнен за растрату 300 тысяч рублей казенных денег.) Только после непосредственного обращения Нестерова к царю в 1717 году была назначена следственная комиссия из гвардейских офицеров.

Несмотря на то, что Гагарин вернул в казну огромную сумму в 215 тысяч рублей, за Сибирской губернией числилась недоимка по таможенным сборам еще более чем на 300 тысяч рублей. Пока шло следствие, Гагарин продолжал управлять губернией: его даже сделали членом Верховного суда по делу царевича Алексея. Против Матвея Петровича было выдвинуто 15 пунктов серьезных обвинений: незаконные поборы и налоги с крестьян, расходование казны на личные нужды, взятки при отдаче винной и пивной продажи, вымогательства подношений у купцов, присвоение товаров, следовавших с караванами в Москву, и многие другие. Выяснилось, что Гагарин чувствовал себя настолько безнаказанным, что присвоил себе три алмазных перстня и алмаз в гнезде, предназначавшиеся Екатерине I.