Благополучная жизнь Георгия Николаевича оказалась прерванной весной 1932 года арестом, следствием и судом по «Делу Бронникова».
Незадолго до ареста Шуппе женился на Евгении Сергеевне Фотиевой, дочери профессора Технологического института Сергея Александровича Фотиева и племяннице секретаря Ленина Лидии Александровны Фотиевой. Их брак вскоре распался. В январе 1935 года Е.С. Фотиева также была арестована и заключена в исправительно-трудовой лагерь на три года.
Георгий Николаевич Шуппе был арестован органами ОГПУ 20 марта 1932 года вместе с несколькими другими участниками собраний кружков – П.П. Азбелевым, А.В. Рейслером, Б.Ф. Ласкеевым, П.С. Наумовым – и выпущен из-под ареста под подписку о невыезде. Следователь Бузников допросил его ровно через десять дней, 30 марта.
Как бы то ни было, из резолютивной части обвинительного заключения, составленного в мае 1932 года, следует, что:
а) Будучи врагом соввласти и автором контрреволюционных произведений и получив воспитание в монархической белоэмигрантской школе, перебежав нелегально в СССР, являлся членом фашистских кружков «Бандаш» и «Дисклуб»;
б) вел монархическую и фашистскую пропаганду и агитацию путем распространения собственных контрреволюционных литературных произведений на собраниях кружков и вне контрреволюционной организации в среде рабочей и учащейся молодежи;
в) вел систематическую переписку антисоветского характера с политссыльными, насыщая последних антисоветскими слухами и материалами.
Означенное преступление предусматривает статью 58–10 Уголовного кодекса
Виновным себя признал.
Итогом этого разбирательства стала высылка Г.Н. Шуппе в Казахстан без права выезда сроком на три года. В короткой автобиографии, сохранившейся в личном деле, имеется запись: «…выслан (по оговору друга) в Алма-Ата».
Об этом периоде жизни Шуппе нам почти ничего не известно. Только в личном листке по учету кадров указано, что он работал вместе с другими ссыльными и заключенными по своей специальности инженером по изысканиям в алма-атинском “Казэнерго” и начальником энергогруппы в НККХ (Народном комиссариате коммунального хозяйства). Через много лет своим ученикам Шуппе рассказывал, что работал главным инженером строящейся электростанции специального назначения, расположенной в удивительно красивом месте – недалеко от высокогорного катка Медео. На стройке работали многие ссыльные и заключенные.
Во время ссылки в Казахстане Георгий Николаевич тяжело заболел и говорил, что его выходил академик Е.В. Тарле, который приносил ему молоко. Тарле был в это время в ссылке в Алма-Ате по «Академическому делу». Этот эпизод мог произойти до октября 1932 года, когда Тарле вернулся в Москву.
Профессор Рязанского государственного радиотехнического университета С.С. Волков, много позже оказавшийся вместе с Г.Н. Шуппе в командировке в Алма-Ате, вспоминает рассказ Георгия Николаевича об одном случае, произошедшем с ним во время ссылки. Уж чего-чего, а безрассудства Георгию Николаевичу было не занимать:
«Симпатизируя некоей прекрасной даме, он решил в день ее рождения преподнести букет цветов. Дело было ранней весной, когда все цветет, но и цветы были нарасхват – ему не досталось. Тогда наш будущий уважаемый Учитель облюбовал на центральной площади Алма-Ата цветущее черемуховое дерево и срубил его. Однако одному ему, даже физически весьма не слабому, унести дерево не удалось. В этом лихом и благородном деле ему помог друг Калинин, будущий академик. Протащив дерево через весь город, они водрузили необычный букет перед окном именинницы, чем очень ее обрадовали и чрезвычайно удивили прохожих.