Перенос святыни в Шило является главной катастрофой самарянского культа, соответствующей разрушению Храма у иудеев. Потеря независимости в VIII веке до нашей эры прошла для них незаметно. Итак, самаряне, по их собственной версии, это те, кто остался верен горе Гаризим и дому Элеазара, когда прочие сыны Израиля поклонялись в Шило.

О династической пертурбации в роду первосвященников рассказывает Иосиф Флавий: «Дом Элеазара служил перед Господом вплоть до дней Узи бен Буки, после чего первосвященником стал Илий из дома Итамара». Иосиф Флавий пишет, что после прихода Александра Македонского самаряне построили храм на горе Гаризим. Храм привлек иудейских священников, не принявших расистской концепции Эзры-книжника: как многие раввины наших дней, Эзра требовал прогнать тогдашних «русских жен». Прогнавшие остались в Иерусалиме, а отказавшиеся ушли на гору Гаризим. Храм был сожжен царем Иудеи Иоанном Гирканом из династии Хасмонеев.

Современные самаряне отрицают это, говоря, что на горе Гаризим никогда не было храма, сама гора настолько свята, что в храме не нуждается. Видимо, таким образом эта община вытеснила из памяти травму разрушения храма. В наши дни археологи обнаружили руины храмового комплекса на горе Гаризим, который был построен по крайней мере за 100 лет до Александра Македонского. Археологи подтвердили, что храм был сожжен Иоанном Гирканом. Таким образом, традиционная иудейская точка зрения, по которой храм на горе Гаризим был построен в подражание иерусалимскому при Александре, оказалась несостоятельной.

На месте храма византийский император Зенон построил в 484 году нашей эры внушительную церковь Богородицы. Сохранился ее восьмиугольный фундамент, обнесенный мощной стеной. Христианство плохо прививалось в Самарии. Немногочисленные паломники византийских времен, забредавшие в Самарию, рассказывали о враждебности самарян. Есть разногласия, что было раньше, яйцо или курица, возведение церкви Зеноном или восстание самарян, ранивших епископа Неаполиса. Подобный спор ведется и относительно работ Адриана в Иерусалиме: предваряли они восстание Бар-Кохбы или последовали за ним?

К северу от церкви виден красивый малый пик Тель-аль-Рас. На нем в 135 году император Адриан построил храм Юпитера и монументальную лестницу, ведущую в город. Раскопки на Тель-аль-Рас вел Мак-Кормик в 1966 году. Он склонялся к мысли, что и более ранний храм самарян стоял там же. Но Ицхак Маген доказал в 2000 году, что забытый самарянами храм располагался на месте церкви Богородицы.

После разрушения церкви возле нее был построен типичный палестинский вели с крутым куполом, где, по местной традиции, похоронен шейх Ганним, здешний уроженец и визирь Саладина. Мусульмане посещают его могилу и дают тут обеты. Иудеи считают, что это гробница Хаммора (Еммора) (Быт. 33:19), отца и градоправителя Шхема в дни праотца Иакова.

К северу от развалин церкви – большая плоская скала. Согласно самарянской традиции, это Краеугольный камень, скала, на которой Господь воздвиг мир. Иудеи же считают, что Краеугольный камень находится в Иерусалиме, на Храмовой горе, под Золотым куполом. Чуть к востоку – другая скала, где, по самарянской традиции, Авраам приносил в жертву Исаака (иудеи считают, что заклание происходило на Краеугольном камне в Иерусалиме). Чуть к западу – Двенадцать камней. Когда сыны Израиля под водительством Иисуса Навина перешли Иордан «как посуху», они взяли с собой двенадцать камней в память о переходе и вступлении в Землю обетованную. Эти камни, согласно еврейской Библии (Нав. 4), были поставлены в Гилгале, к востоку от Нагорья, а по самарянской, тут и находится Гилгал. Хотя место обозначено, распознать камни нелегко.