На заседании Главного военного совета руководством ГМШ впервые за много лет был поставлен вопрос об уточнении многих положений теории боевого применения сил флота, в частности, об уточнении основных положений БУМС-37, а также о разработке «Наставления по ведению морских операций».

Последнее, введенное в действие в ноябре 1940 г. (НМО-40), стало основным оперативным документом ВМФ СССР на весь период войны. В нем впервые регламентировались порядок и организация планирования и проведения силами ВМФ морских операций, они подразделялись на самостоятельные флотские и совместные с сухопутными войсками операции. В «Наставлении…» особое внимание во всех видах операций уделялось организации взаимодействия надводных кораблей с подводными лодками и авиацией, а в совместных операциях с сухопутными войсками – взаимодействию с группировками приморских флангов фронтов. Помимо него в предвоенные годы было утверждено «Наставление по боевой деятельности штабов соединений ВМФ» (НБДШС-40) и откорректирован «Боевой устав Морских сил» (БУМС-37). На флотах к началу войны (инструкция утверждена 11.11.1939) была отработана система оперативных готовностей, которая давала возможность по мере нарастания угрозы нападения по кодированному сигналу из Наркомата ВМФ повышать оперативную готовность флотов и флотилий от готовности мирного времени (ОГ № 3) до полной готовности к ведению боевых действий (ОГ № 1).

Наиболее слабым местом оставались вопросы стратегического применения ВМФ. Курс на создание «большого морского и океанского флота» не подкреплялся в должной степени теорией, что неудивительно, поскольку в главном научном центре ВМФ – Военно-морской академии – в период репрессий сменилось шесть начальников. По словам наркома ВМФ Н. Г. Кузнецова, «…накануне войны у нас не было четкой военной доктрины, а потому не могло быть и четко сформулированных задач флоту, не была определена и его роль в системе Вооруженных сил».

Начавшаяся Вторая мировая война поставила перед Советским Союзом новые проблемы по укреплению безопасности и вынудила предпринять ряд дипломатических, экономических и военных мер. Вхождение в состав СССР прибалтийских государств, воссоединение украинского, белорусского и молдавского народов позволили расширить районы базирования на Балтийском и Черном морях. На базе расформированной Днепровской военной флотилии были созданы Дунайская и Пинская военные флотилии.

Зимой 1939/40 г. СССР провел хотя и победоносную, но чрезвычайно кровопролитную для себя войну с Финляндией. Эта война выявила низкую боеспособность Красной армии, объективно обусловленную прежде всего слабостью подготовки командного состава. Военно-морской флот проявил себя не лучше, поскольку главные из поставленных перед ним задач – уничтожение ВМС противника и установление морской блокады Финляндии – так и остались не решены. Тем не менее многие моряки продемонстрировали пример исполнения воинского долга, 22 из них были удостоены звания Героя Советского Союза.

В декабре 1940 г. Н. Г. Кузнецов провел совещание и сборы руководящего состава ВМФ, на которых пытался добиться единства взглядов по вопросам ведения операций, роли и места ВМФ, родов его сил, кораблей в русле единой военной стратегии. Критически оценивая действия ВМФ в советско-финляндской войне, обращая внимание на успехи немцев и англичан в боевых действиях на море, нарком отметил, что «флоты не имеют сколько-нибудь удовлетворительных результатов в оперативно-тактической подготовке», сохраняется высокая аварийность. Его приказом в течение 1941 г. командующим флотами предлагалось отработать взаимодействие родов сил ВМФ в типовых операциях, обратив особое внимание на подготовку к совместным действиям с Красной армией, и в первую очередь на высадку десантов. Однако времени на исправление положения уже практически не оставалось.