С усилением других европейских держав – Голландии, затем Англии и Франции, каждая из них также строила свои форты на побережьях Африки. Форты были центрами торговли и опорными пунктами для проникновения во внутренние районы Африки. Европейские державы пытались последовать примеру Португалии, создавшей колонии на Черном континенте. Так, в 1652 г. было положено начало Голландской Капской колонии, в 1763 г. возникла просуществовавшая 20 лет британская Сенегамбия.

С самых первых шагов европейцев в Черной Африке значительную их часть составляли духовные лица. Они пытались обратить африканцев в веру Христову. Уже в самом первом опорном пункте португальцев в Западной Африке – крепости Элмина были построены две церкви – для европейцев и для африканцев.

В 1491 г. были построены первые католические церкви в Конго. При закладке церкви в столице государства был торжественно крещен маниконго Нзинга а Нкуву, получивший христианское имя Жуау I, его супруга стала Леонорой, а сын – Афонсу. Внук первого крещеного маниконго принц Энрике в 1518 г. стал первым африканцем, получившим сан епископа.

Отношения с миссионерами в Африке не всегда были гладкими. Упоминавшаяся выше Антонианская ересь XVIII в. в Конго по сути была крупным народным восстанием, отражавшим в частности и недовольство участием миссионеров в работорговле.

С изменением соотношения сил в Европе все новые отряды миссионеров из разных стран и разных организаций устремлялись в Африку К католическим прибавились и протестантские миссионеры разных конфессий: англикане из Британии, лютеране из немецких земель и пр.

Новый расцвет миссионерская деятельность получила к середине XIX в. В Африке развернули работу французские Лионское миссионерское общество, ордена Белых Отцов и Белых Сестер, Орден Святого Духа, английское Церковное миссионерское общество, немецкие Берлинское, Лейпцигское, Рейнское миссионерские общества, бельгийские Орден Непорочного Сердца Марии, Общество Иисуса (иезуиты), и многие другие.

В те годы миссионеры проникали все дальше вглубь Черного континента, часто в совершенно не известные европейцам места. Как правило, миссионерские станции основывались в поселениях, которые были для местных народов торговыми или политическими центрами. В каждой миссии строились церковь и школа. Миссионеры старались привлечь как можно больше африканцев к церковной службе. Для этого им приходилось проделывать огромную работу: они быстро выучивали языки африканских народов, среди которых жили, и проповедовали на этих языках.

Большую роль в обращении африканцев в христианство призваны были играть начальные школы при миссиях. Ведь для приобщения к церковным книгам надо было овладеть чтением и письмом. Миссионерские школы долгое время оставались основой начального образования в колониях, государственные школы составили им реальную альтернативу лишь спустя несколько десятилетий после колонизации – к 20-30-м гг. XX в.

Миссионерская школа становилась местом, где маленькие африканцы впервые вплотную сталкивались с заморской культурой. В миссионерских школах африканские дети обучались не только и не столько Закону Божию – им давались те же знания, что их сверстникам в начальных школах Европы, правда, в меньшем объеме. Но зато их усиленно обучали различным ремеслам: столярному, плотницкому, швейному, печатному и прочим.

Религия занимала не доминирующее, порой вообще небольшое место в процессе обучения в миссионерских школах. Главными были практические знания и навыки – чтение и письмо на родном и европейских языках, арифметика, овладение ремеслами. Именно это, а не христианские догматы делало миссионерские школы привлекательными для маленьких африканцев и их родителей. Крещение не было обязательным условием для посещения миссионерских школ. Так, в миссионерских школах Северогерманского общества в Того и на Золотом Береге в 1898 г. из 979 учащихся крещеных было 376, т. е. 38,4 %.