Президентом РС был избран лидер СРП РС Никола Поплашен, кандидат от коалиции СДП и СРП РС – 322 684 голоса (43,9 %), а кандидат коалиции Слога Б. Плавшич выборы проиграла – 286 606 голосов (39 %).

В Скупщине РС СДП получила 160 370 голосов (21,7 %) и 19 мандатов, бошняцкая Коалиция – 125 546 (17) и 15, СРП РС – 97 244 (13,1) и 11, СНС РС – 95 817 (12,9) и 12, СП РС – 79 179 (10,7) и 10, СНСД – 53 802 (7,3) и 6, РП РС – 27 119 голосов (3,7 %) и 3 мандата. 2 места заняли Сербская коалиция за РС и СДП БиГ, по 1 – НХИ, ХДС БиГ, и группа За короля и отечество.

Успех бошняцкой коалиции не способствовал ее сплочению. Выборы 1998 г. были отмечены мощным давлением УВП и других международных структур, приведшим к постепенной эрозии позиций СДП, не рискнувшей выдвинуть собственного кандидата на пост главы РС.

Серьезный ущерб позициям РС был нанесен вследствие агрессии НАТО против СРЮ в марте-июне 1999 г., так как с этого момента республика потеряла своего ключевого союзника в регионе и оказалась практически беззащитной перед давлением Запада. В марте 1999 г. международный арбитраж, который должен был определить линию разграничения в районе г. Брчко, через который проходила горловина коридора, соединяющего восток и запад республики, произвольно изменил свой мандат и постановил выделить Брчко в особый округ, неподконтрольный ни РС ни ФБиГ. Одновременно ВП К. Вестендорп своим указом отправил в отставку президента РС Н. Поплашена (СРП). До сентября 1999 г. Поплашен отказывался покинуть свой пост, который затем перешел вице-президенту Мирко Шаровичу (СДП).

С конца 1999 г. влияние ВП в БиГ входит в свой апогей, продолжавшийся до 2005 г. Австриец Вольфганг Петрич (1999–2002) подготовил и провел конституционную реформу БиГ и ее автономий, добиваясь этого как своими указами, так и неформальным давлением на боснийских политиков, обеспечивая принятие органами власти автономий и БиГ разработанных им актов. Реформы Петрича обеспечили создание Совета министров БиГ, расширение его полномочий за счет передачи их из ведения автономий, создание ряда ведомств центрального подчинения, передачу под контроль Сараево косвенных налогов, что впервые дало центральным органам собственный источник бюджетных поступлений. В конституциях автономий было введено единое их определение как республик всех трех боснийских общин (вместо сербской и бошняцко-хорватской соответственно), существенно расширено представительство других общин и их возможность ветирования через механизм защиты «жизненного национального интереса». Относительно РС это означало создание правового механизма недопущения возможного выхода республики из состава БиГ посредством референдума.

В. Петричу удалось также добиться серьезного прогресса в деле возвращения беженцев и перемещенных лиц, преодолев сопротивление властей ФБиГ и РС посредством Плана реализации законов о возврате собственности (октябрь 1999 г.). На конец 2005 г. общее число лиц, вернувших себе довоенное жилье достигло 884 163 чел. Однако в реальности процесс возврата прав собственности во многом заместил собой собственно возвращение беженцев на постоянное жительство в места довоенного проживания. В условиях послевоенной разрухи большинство возвращенцев предпочитали либо получить финансовую компенсацию утраченной собственности, либо, восстановив свои права на нее, тут же продать ее и поселиться на территории «своей» автономии, ощущая там себя в большей безопасности и рассчитывая на лучшую жизненную перспективу. По схожим мотивам (отсутствие экономической перспективы в БиГ) значительная часть боснийских беженцев в странах ЕС также предпочла закрепиться на новом месте, что привело к формированию заметных общин бошняков в Австрии, Германии и других странах ЕС.