29 февраля – 1 марта 1992 г. по инициативе ЕС был проведен референдум о независимости БиГ, на котором 62,6 % из принявших участие в нем 62 % избирателей высказались за суверенитет. При этом участие в голосовании приняли только мусульмане и хорваты, так как боснийские сербы референдум бойкотировали. Тем не менее, 6 апреля 1992 г. 12 стран ЕС объявили о признании независимости БиГ. Боснийские сербы в ответ на игнорирование своих требований вышли из состава боснийских органов власти и отказали им в легитимности. Страна начала погружаться в межнациональные столкновения, вскоре переросшие в самый кровопролитный конфликт периода распада Югославии. Конфликт унес около 100 тыс. жизней (68 тыс. мусульман, 22 тыс. сербов, 9 тыс. хорватов), около 2,2 млн. чел. были изгнаны из своих жилищ или бежали от войны. Сербская сторона постепенно сформировала собственное непризнанное государство – Республику Сербскую, опиравшуюся на поддержку тогдашней Союзной Республики Югославии (СРЮ), хорватская – Хорватское сообщество Герцег-Босна (позднее – Хорватскую республику Герцег-Босна), поддерживавшуюся Хорватией, а мусульманская – контролировала институты международно признанной Республики Босния и Герцеговина («правительство Сараево»). Атмосфера межэтнического конфликта вызвала к жизни такое явление, как насильственное изгнание с контролируемой территории представителей других национальностей, названное в международной практике «этническими чистками». Для преследования организаторов такого рода преступлений СБ ООН учредил в 1993 г. специальный Международный уголовный трибунал по бывшей Югославии (МТБЮ), известный ныне как Гаагский трибунал. Наиболее известным символом таких «чисток» считается взятие сербскими войсками в июле 1995 г. мусульманского анклава Сребреница, после чего были убиты по разным оценкам от 1200 до 8000 чел. Сребреница стала основанием для международного преследования как военных и политических руководителей РС, так и многочисленных военных и ополченцев со стороны МТБЮ и национального правосудия БиГ и Сербии. В результате «этнических чисток» заметно изменилась этническая карта БиГ: мусульмане покинули обширные территории на востоке и западе страны, практически не осталось сербов в Средней Боснии, на западе Герцеговины и в Сараево. Война нанесла тяжелейший урон экономике и инфраструктуре страны, которая до сих пор не может восстановиться до уровня 1990 г. (подробнее о событиях военного времени и периода до 2002 г. см. первое издание настоящего справочника, раздел Босния и Герцеговина).

Еще в ходе конфликта 18 марта 1994 г. для прекращения мусульмано-хорватских столкновений по инициативе США было подписано Вашингтонскиое соглашение о создании Федерации Боснии и Герцеговины как мусульмано-хорватской части БиГ.

История Боснии и Герцеговины в ее нынешнем виде начинается с подписанного 21 ноября 1995 г. в Дейтоне (США) Общего рамочного соглашения о мире (ОРСМ) в БиГ (известного также как Дейтонские) или Дейтонско-Парижского договора (официальное подписание документа состоялось 14 декабря 1995 г. в Париже). ОРСМ включает в себя ряд приложений, в том числе Конституцию БиГ (действующую на настоящий момент) и соглашения по устройству отдельных сфер политического устройства и институтов. Дейтонский договор установил нынешнее политическое устройство БиГ в форме сложной конфедерации двух автономий (энтитетов или образований) – Республики Сербской (РС) и Федерации Боснии и Герцеговины (Федерация) (устоявшееся русское наименование – мусульмано-хорватская федерация), при изначально весьма ограниченном центральном правительстве. С 1999 г. эту структуру дополнил отдельный Округ Брчко, по решению международного арбитража выделенный из состава как Республики Сербской (РС), так и Федерации в самостоятельную территорию центрального подчинения.