Тем временем события на командном пункте участка ПВО Кронштадтской военно-морской базы в Петергофе развивались своим чередом. От дежурного по штабу 2-го корпуса ПВО последовал запрос о причине пальбы над Кронштадтом. Командующий Северной зоной ПВО генерал-майор Крюков тоже потребовал «доложить воздушную обстановку над Кронштадтом». Тем временем на КП по тревоге прибывали офицеры. В эти минуты никому не хотелось верить, что пришла война, люди надеялись, что произошла какая-то ошибка, провокация и скоро все разъяснится. Вскоре явился и военный комиссар участка ПВО Л. Л. Маргулис. Этот не в меру ретивый политработник тут же «принял меры», а именно отстранил несчастного капитана Кушнерева от дежурства. Да еще и пригрозил: «Мы разберемся, что вы натворили и по каким самолетам открыли огонь». Но разбирательство продлилось недолго. В полдень как гром среди ясного неба по радио прозвучало сообщение наркома по иностранным делам СССР В. М. Молотова, разом разрешившее вопрос о правомерности действий зенитчиков.

На разборе состоявшихся стрельб со всеми командирами батарей и дивизионов командир 1-го ЗенАП майор Игнатовский наряду с положительными результатами отметил и ряд серьезных недостатков: неуверенные знания правил стрельбы по низколетящим самолетам, слабую слаженность в действиях расчетов орудий и приборов управления огнем, большую затрату времени на захват воздушных целей, не всегда правильное распределение целей между батареями и т. д. Примерно такая же картина была и в других частях противовоздушной обороны.

Сведения о количестве и типах увиденных в утренней мгле самолетов-призраков поступали самые противоречивые. Надо сказать, что в советской ПВО вопрос с опознаванием самолетов противника в начале войны стоял весьма остро. Если обнаружить цель ночью можно было по звуку моторов с расстояния 10–12 км, то опознать же было гораздо сложнее. В то время основным способом было сравнение с силуэтом, но их-то зенитчики знали слабо. При этом лучше других знали бомбардировщик «Дорнье-215», так как в 1940 г. две такие машины были проданы в Советский Союз, и их фотографии получили широкое распространение в частях ПВО. О более же современном Ju-88 было известно гораздо меньше.

Н. П. Мильченко, который в начале войны в звании лейтенанта командовал взводом в 169-м ЗенАП, вспоминал: «Кмоменту нападения Германии на нашу страну в полку, да и в корпусе, к сожалению, не имелось необходимого для этого материального обеспечения, не было и пособий по изучению немецких самолетов. А все потому, что в предвоенное время в централизованном порядке запрещалось выпускать литературу и пособия о вооруженных силах Германии. А на местах не все сумели развернуться. Когда началась война, разведчиков-наблюдателей мы стали учить кустарным способом, кто как умел. И конечно же, это дало о себе знать». Из-за ошибок в опознавании обстрел зенитчиками своих самолетов стал обыденным делом, равно как и пропуск немецких, принятых за свои.

Люфтваффе свою задачу на рассвете 22 июня в целом выполнили, однако часть мин была сброшена там, где корабли вообще не ходили. Видимо, пилоты имели не вполне точную информацию о глубинах и фарватерах вокруг Кронштадта. Да и вообще начало войны на море с постановки мин, то есть, по сути, с применения пассивного оружия, представляется ошибочным (подобную же операцию в это же самое время на Черном море проводила и II-я группа KG4 «Генерал Вефер»). Эффект внезапности лучше было бы использовать для массированного бомбового удара по крупным кораблям, стоявшим в базах.