Дальнейшие события подтвердили правоту Смита в этом вопросе. Отношения с индейцами вскоре испортились, и на Джеймстаун было совершено нападение: 1 человек был убит, 17 ранено. Только после этого прискорбного случая Уингфилд согласился на то, чтобы форт был окружен палисадом, орудия установили должным образом, а людей при них как следует обучили и проинструктировали. Тогда же Смита вновь ввели в состав Совета колонии, а президента оштрафовали на 200 фунтов в пользу его противника.
Однако это мало что изменило в жизни колонистов, Смит оказался далеко не единственным недовольным. Вскоре Уингфилд докладывал правлению компании: капитан Кэндалл был выведен из Совета и посажен в тюрьму, поскольку стало совершенно очевидно, что он сеял вражду между Советом и президентом. Чуть позже Смит записал в своих заметках: «Капитан Уингфилд довел дело до того, что все его ненавидели, а потому, со всеобщего согласия, он был снят с поста президента. Избрали – в соответствии с его поведением – капитана Рэтклифа». Там же он пишет: «Из-за раздоров Бог, разгневавшись на нас, обрушил такой голод и болезни, что живым едва достало сил хоронить мертвых». Зерно и мука сгнили от сырости, а охота и рыболовство не были достаточным подспорьем в этих не знакомых европейцам местах. Видимо, Смиту принадлежала спасительная мысль наладить меновую торговлю с индейцами. Продовольствие выменивали на железные топоры и тому подобные изделия. Правда, имеются сведения, что в ряде случаев индейцы отдавали кукурузное зерно в обмен на заложников или за захваченный у них тотем.
Во время одной такой экспедиции Джон Смит попал в руки туземцам. Тогда-то и имел место растиражированный ныне массовым искусством эпизод – спасение пленника юной Покахонтас. Позже отец Покахонтас, могущественный вождь индейцев-алгонкинов, был коронован по приказу Якова I как вассальный государь, что дало повод именовать его дочь принцессой.
Вылазки Смита на какое-то время спасли колонию, но не положили конец раздорам. Получив продовольствие, кое-кто задумал бежать из Джеймстауна на корабле. Зачинщиком заговора посчитали капитана Кэндалла, и он был казнен по обвинению в пособничестве Испании: якобы он намеревался искать покровительства испанских властей и выдать им английские планы колонизации Нового Света. Сейчас, по прошествии стольких лет, едва ли можно установить, насколько справедливы были эти обвинения.
Осенью 1608 года с поста президента был смещен Рэтклиф, его место занял Смит. Согласно сложившейся в Соединенных Штатах легенде, это было время мира благополучия и разумного совместного труда, но сомнительно, что легенда полностью соответствует действительности, хотя и на пустом месте она вряд ли бы возникла. С одной стороны, в Джеймстауне в этот период наконец-то соорудили приличный колодец, дававший свежую чистую воду, построили дома и блокгаузы, расчистили и засеяли маисом новое поле, наладили производство стекла. С другой – в колонии не прекращались мятежи и заговоры. Традиционно считается, что главными вдохновителями и виновниками смуты были «неуравновешенные юноши высокого происхождения, но морально испорченные», которые «промотали свое состояние в Англии и бежали от своих кредиторов в Виргинию». Они-то и «внесли разложение в среду привезенных ими колонистов». Возможно, все было именно так, а возможно, и нет. Однако исследователи привыкли смотреть на раннюю американскую историю глазами Джона Смита.
В конце концов переживший несколько покушений на свою жизнь Смит был смещен с поста президента и осенью 1609 года отправился в Англию. После этого дела в колонии пошли совсем плохо. К весне 1610 года из 500 завезенных к этому времени в Виргинию поселенцев в живых осталось всего 60 – еле двигавшихся, упавших духом, осаждаемых индейцами, непрерывно ссорившихся. Так бесславно закончился «демократический» период колонизации. Вскоре от выборного президента отказались, и из Англии прислали губернатора с широкими полномочиями, а Совет колонии превратился в совещательный орган. К этому времени роль Плимутской компании сошла на нет, а активно развивающуюся Лондонскую стали именовать Виргинской компанией, под этим именем она и вошла в историю.