Управление Россией из коллегиального, как это было в 1584–1585 гг., постепенно переходит в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584–1586 гг. царь Федор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в 1586 г. Бориса большой северной волостью Вага.

Англичанин Горсей писал в 1589 г., что годовой доход Годуновых составляет 175 тысяч рублей, и они могли выставить в поле сто тысяч воинов. Цифры эти несколько преувеличены, но они показывают по крайней мере порядок богатства Годуновых.

Еще в 1586 г. Борису Годунову пришла в голову мысль учредить патриаршество на Руси. Не будем спорить, чего больше хотел достичь Борис – величия России или усиления своей власти. С началом царствования Федора Борис не разделяет свои интересы с интересами России. Позднейшие историки, в значительной своей части настроенные враждебно к Годунову, не найдут ни одного поступка боярина, а затем и царя Бориса, совершенного в личных целях и шедшего вразрез с интересами государства.

Как известно, Русь приняла крещение от Византии. Главой православной церкви был константинопольский патриарх. Русская митрополия первые три века своего существования рассматривалась в Константинополе как второстепенная периферийная епархия. Флорентийская уния 1438 г. (попытка объединения с католиками) и взятие в 1453 г. Константинополя турками необратимо подорвали авторитет константинопольского патриарха. Одновременно Московское княжество стало мощным государством. Греческая церковь превратилась в иждивенку Москвы. В такой ситуации вполне понятно желание Москвы иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем – царем всея Руси.

С учреждением патриаршества в Москве надо было спешить, так как польский канцлер Ян Замойский уже поднимал вопрос с константинопольским патриархом о переносе патриаршеского престола в Киев. Вспомним, что к началу XVII века чуть ли не две трети бывшей Киевской Руси с православным населением находилось в составе Речи Посполитой. Учреждение патриархии в Москве было не только задумано, но и лично исполнено Борисом Годуновым. В «черновой» работе ему помогали дьяки братья Андрей и Василий Щелкаловы. Боярская дума и московский клир в этой трагикомедии выполняли лишь роль статистов. В 1588 г. константинопольский патриарх Иеремия прибыл в Москву по приглашению Бориса. Кстати, это был первый визит константинопольского патриарха на Русь. Переговоры с патриархом затянулись более чем на полгода и велись исключительно Борисом и Щелкаловыми. Хитрый грек приехал в Москву за щедрыми субсидиями, а о Московском патриаршестве поначалу и слышать не хотел. Казалось бы, ситуация безнадежная, так как учреждение патриаршества без согласия главы православной церкви могло привести к расколу и смуте на Руси. Борис буквально шел по лезвию бритвы. Им был подкуплен один из спутников Иеремии архиепископ элассонский Арсений. После очередных безрезультатных переговоров Иеремия в присутствии Арсения ляпнул, что патриарха в Москве он ни за что не поставит, а в крайнем случае сам готов остаться в Москве патриархом. Арсений немедленно сообщил об этом Борису. Естественно, такой блестящий дипломат не упустил свой шанс. Московские приставы, охранявшие патриарха, начали просить его стать патриархом в Москве. Вроде бы по секрету передавали, что царь и бояре только и мечтают видеть Иеремию в Москве. Лесть вскружила голову Иеремии, и он, не дожидаясь официального предложения, публично согласился учредить в Москве патриархию и самому стать во главе ее. Патриарх попал в ловушку Бориса. Царь Федор прислал официальную грамоту: «Будет похочет быти в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, и ему быти патриархом в начальном месте во Володимире, а на Москве бы митрополиту по-прежнему; а не похочет… быти в Володимире, ино на Москве учинити патриарха из московского собору».