В 1991 году храм был возвращен верующим, а 3 октября 1993 года, в день памяти Михаила и Феодора Черниговских, заново освящен. Огромную роль в восстановлении прихода сыграл протоиерей Сергий Торопцев. В 1991 году в Богоявленском кафедральном соборе Святейший Патриарх Алексий II рукоположил протодиакона Сергия в священнический сан, а через несколько дней он был назначен настоятелем вновь открытого храма в честь Михаила и Феодора Черниговских чудотворцев. Будучи отличным электриком, плотником и сварщиком, всю работу по подготовке храма к богослужениям отец Сергий проделал собственными руками и с помощью немногочисленных прихожан. В начале ХХ века, когда храмы Черниговского переулка уже были объединены в один приход, церковь Михаила и Феодора, использовалась как летняя. С 1991 года все богослужения, даже зимой, проходили в неотапливаемом храме. Верующие помогали церкви: ставили рамы, двери, приносили маленькие обогреватели, покрывали каменный пол досками. Иногда на службу приходило два человека, а зимой отец Сергий вел богослужения и вовсе без прихожан.

В течение пяти лет настоятель боролся за возвращение приходу соседнего храма Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором, который был занят демонстрационным залом декоративного стекла. За 1992 – 1994 годы стараниями отца Сергия приходу были возвращены здания богадельни, колокольни и церковного дома. В 1990-х годах хор церкви Михаила и Феодора Черниговских был одним из лучших в Москве благодаря своему регенту И.Д. Деркачу, до этого много лет руководившему хором Богоявленского кафедрального собора в Елохове. В хоре пели профессиональные певчие, пришедшие вместе с регентом. А попробовать себя в качестве певчего мог любой прихожанин храма. В 1994 году настоятелем подворья Черниговских мучеников был назначен опытный и уважаемый протоиерей Сергий Карамнов, который восстанавливал церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи.

Церковь Святых благоверного князя Михаила и боярина Феодора Черниговских наверняка затерялась бы среди зданий какой-нибудь из центральных улиц Замоскворечья. Но здесь, в крошечном и уютном Черниговском переулке, она на своем месте. Выполненная в стиле «русского узорочья», церковь имеет несколько малоповторимых особенностей. Первое, что бросается в глаза, – это контраст тонких, вытянутых барабанов глав и специально увеличенных кокошников и развитый антаблемент со сложным узорчатым рисунком. Многие элементы храма сохранились с конца XVII века: нижний ряд пластичных кокошников, парные колонки по углам четверика, южный и северный порталы, колончатые наличники окон с килевидными кокошниками. На сводах и стенах уцелели элементы росписи первой половины XVIII века. Необычно низкая и широкая, как будто приплюснутая к земле трапезная равна по площади основной части храма. В церкви Михаила и Феодора Черниговских необычно мало окон: в четверике их всего два, а в трапезной – четыре. Отсутствие должного освещения еще больше уменьшает внутренний объем храма. Притвор церкви был когда-то первым ярусом колокольни. Сейчас внутри него можно увидеть своды первой половины XVIII ве ка. Фасады притвора украшены спаренными пилястрами на углах. В ограде вдоль Черниговского переулка сохранился белокаменный цоколь XVIII века и кирпичные столы с решеткой XIX века.

С.К. Романюк в книге «Из истории московских переулков» пишет: «Обе церкви и прилегающие к ним постройки тщательно отреставрированы в 1984 г. и составляют редкий по своей живописности ансамбль, который приобретает еще большую выразительность при сопоставлении его с высоким доходным домом И.Ф. Нейштадта на заднем плане в изломе переулка»