Труды проповедника были успешны. Божественный муж, свидетельствует святитель Гермоген, один из преемников его, своим учением привел ко Христу множество душ.

Последние три года жизни святитель Гурий лежал на одре болезни, не мог совершать служения и даже ходить в храм, но постоянно молился и своей молитвой низводил небесную благодать на паству. В великие праздники носили святителя к Литургии в храм Благовещения Богоматери, им построенный; здесь он слушал службу Божию; его келья была у придела страстотерпцев Бориса и Глеба, но душа владыки горела желанием молиться вместе с паствой в дни общей молитвы.

Блаженная кончина святителя последовала 4 декабря (по ст. ст.) 1563 года, его погребли в Преображенской обители.

Спустя тридцать два года на месте деревянного начали строить каменный Преображенский храм, и тогда открылись гробы святителей Гурия и Варсонофия. «Вся рака святого Гурия, – говорит очевидец, – наполнена была благоуханным миром, и мощи плавали; святое тело было нетленно, только верхней губы несколько коснулось тление. Сам я, недостойный, грешной моей рукой коснулся святого тела и чувствовал, как оно плавало; осязал и погребальные ризы, и они были крепки; прикасался к мантии и сильно тянул ее, но она была крепче новой».

Силу нетленных мощей первым на себе испытал инок Иоасаф. Ему пришла в голову дерзкая мысль открыть раку святого Гурия, но едва он коснулся ее, как руки его стали гореть, их корчило нестерпимой болью; познав свой грех, Иоасаф просил святителя о помиловании и был исцелен не только от новой болезни, но и от долго томившей его лихорадки.

Ключарь собора, сильно страдавший глазной болезнью, в день памяти святителя просил провести его к раке и, приложась к мощам, получил исцеление.

Особенно замечательно исцеление дьяка Панкратьева. Он так тяжело болел, что близок был к смерти. В тяжком страдании он молился Богу и призывал на помощь новоявленных Казанских чудотворцев. Затем в тонком сне показалось ему, что в соборном храме он видит архиепископа Гурия, святитель хочет взять его за правую руку, но дьяк падает на землю. Святой тихо приподнимает его и говорит: «Не скорби, раб Божий Иоанн, Господь помиловал тебя, и ты будешь здоров, но иди и благословись у друга моего Варсонофия». Святитель сам повел его к правому углу собора, где стоял епископ Варсонофий, и сказал: «Брат Варсонофий! Благослови Иоанна и освободи его от болезни». Святой Варсонофий, благословляя, сказал: «Не скорби, чадо Иоанн! По вере твоей к Богу ты будешь здоров».

Мгновенно очнувшись, Иоанн начал плакать пред иконой святителя и почувствовал себя здоровым.

Своим благочестием святитель Гурий воспитал искренних рабов Божиих из числа приближенных к царю людей. Боярину Иоанну Застолбскому царь Иоанн Грозный поручил помогать святителю. Богатый боярин служил святому с великим усердием, особенно во время его болезни. Благочестивая жизнь святителя Гурия повлияла на него, он стал более всего бояться греха и любить правду Божию. Сын боярина Нестор, кроткий юноша, с юных дней стал вести строгую жизнь, под одеждой боярской носил власяницу, соблюдал пост и любил молиться; с согласия своего доброго отца принял монашество с именем Нектарий и скончался юным иноком. Затем принял монашество и отец с именем Ионы; недолго поболев, Иона заповедал похоронить себя недалеко от святителя, в той храмине, где похоронил сына.

При открытии мощей святителя Гурия были найдены нетленными тела и одеяния иноков Ионы и Нектария, верных учеников святителя.

Тропарь святителям Гурию, архиепископу Казанскому, и Варсонофию, епископу Тверскому, глас 3-й