Отказ арабских вождей от сотрудничества с французской властью означал новое военное противостояние, для которого Мурад-бей накапливал силы в Верхнем Египте. Но это еще было полбеды. Вслед за этим Джеззар-паша, бывший наместником султана в Сирии, прислал в Каир документ об объявлении войны Франции. Поползли слухи о том, что в Египет движется «бесчисленная» армия, состоявшая из сирийских солдат и османов, к которой примкнул Ибрагим-бей. Она действительно могла представлять для Бонапарта серьезную угрозу, поскольку к тому времени его союзники в самом Египте к нему охладели. Их недовольство действиями французских властей обуславливалось не только политическими, но и экономическими причинами – ведь, потеряв связь с Францией, для того, чтобы управлять, строить, выплачивать жалованье воинам, служащим и ученым, Наполеон был вынужден значительно увеличить налоги. Для пополнения казны фуражиры повсеместно забирали у населения лошадей и продовольствие. Сборщики налогов из числа коптов получили привилегии и право носить оружие. «Великий Кебир» установил награду в 600 ливров для лиц, которые укажут дом или склад, где хранится «значительное количество» подлежащих конфискации товаров. В связи с этим местные жители все чаще стали выступать против французов: они угоняли и прятали скот, нападали на небольшие отряды фуражиров, убивали французских курьеров. Один из влиятельнейших египетских шейхов, Сада, был избран председателем «дивана мятежников», куда вошла сотня имамов и людей низших сословий. Они стали организовывать народные выступления по всей стране.

Вскоре стали вспыхивать крупные мятежи в Розетте, Александрии, Даманхуре, и наконец волна восстаний докатилась до Каира. Поводом для выступления там послужили фортификационные работы, в ходе которых были разрушены могилы мусульман, их дома и мечеть. А еще каирцы были напуганы постоянными угрозами городского коменданта – генерала Дюпюи, уроженца Гаскони, который не церемонился с местными жителями и хотел применить к ним телесные наказания. По словам Е. Тарле, все началось с того, что «несколько человек из оккупационной армии подверглось открытому нападению и было убито, и в течение трех дней восставшие оборонялись в нескольких кварталах». В этой обстановке Бонапарт прибегнул к жестким карательным мерам: обыскам, контрибуциям, казням и арестам заложников. Ему пришлось даже применять штыки и орудия. Сам Бонапарт ни минуты не сомневался в правильности своих решений: «Каждый день я приказываю отрубить пять-шесть голов на улицах Каира. До настоящего времени мы должны были щадить их, чтобы уничтожить страх, который нам предшествовал. В настоящее время, напротив, нужно взять тон, который необходим, чтобы этот народ повиновался. А повиноваться для них – значит бояться». По свидетельству Е. Тарле, «кроме массы перебитых арабов и феллахов при самом подавлении восстания уже после усмирения несколько дней подряд происходили казни; казнили от 12 до 30 человек в день».

Много крови было пролито и в близлежащих к столице селениях, на которые перекинулось восстание. Теперь Бонапарт каждый день считает число казненных уже десятками: «Ежедневно мы рубим по три десятка голов…

Это им послужит уроком». Он одобряет действия Бертье: «Вы хорошо сделали, что приказали отрубить головы всем взятым в плен с оружием в руках». А своему адъютанту Круазье приказывает отправиться в восставшее селение, «окружить все племя, перебить всех без исключения мужчин, а женщин и детей привести в Каир, самые же дома, где жило это племя, сжечь. Это было исполнено в точности. Много детей и женщин, которых гнали пешком, умерло по дороге, а спустя несколько часов после этой карательной экспедиции на главной площади Каира появились ослы, навьюченные мешками. Мешки были раскрыты, и по площади покатились головы казненных мужчин провинившегося племени» (Е. Тарле).