Лечение комплексное, лекарственное и нелекарственное. В нелекарственном главное место занимает организация правильного питания. Питание должно быть частое (5–6 раз в день), малыми порциями. Между приемами пищи должно проходить не более четырех часов. Исключаются любые жирные и острые блюда, бульоны, соусы, копчености, различные приправы, газированная сладкая вода, шоколад, кофе и т. д. Показаны каши (исключая перловую и пшеничную), рыба и мясо (отваренное, запеченное либо приготовленное на пару), овощи (исключение составляют бобовые, чеснок, болгарский перец, редис), фрукты, зелень (кроме шпината и щавеля).

Универсальной схемы лечения гастродуоденита у детей нет, так как заболевание имеет большое количество клинических особенностей, именно поэтому лечиться нужно только у врача-гастроэнтеролога.