В конце концов было решено строить верфь, крепость и город в районе бывшего Александр-Шанца.

18 июня 1778 г. Екатерина II подписала указ об основании крепости и верфи, и уже 19 октября того же года были заложены крепость, верфь и город, получивший название Херсон. Название, возможно, связано с тем, из крепости Александр-Шанц был выход на высокий берег Днепра. Императрица в тот период увлекалась греческим языком. Берег на греческом – «херсон». Хотя существует устоявшееся мнение, что название произошло от названия крепости в Крыму Херсонес.

Херсонская крепость была заложена 8 сентября 1778 г. по проекту главного архитектора Адмиралтейств-коллегии М.Н. Ветошкина.

1 февраля 1784 г. Потемкин поручил строительство крепости инженер-полковнику Николаю Корсакову. К приезду Екатерины крепость была в основном закончена. Ее окружал мощный земляной вал с девятью бастионами, который совместно с глубоким рвом создавал серьезное препятствие для противника. Звездообразная линия укреплений позволяла вести перекрестный огонь из 220 орудий, находящихся на бастионах. Под землей крепость была оборудована несколькими десятками туннелей, выходящих за границу крепости на 50–70 м. В случае осады крепости в туннелях должны были круглосуточно дежурить солдаты, чтобы предотвратить подкоп с целью минирования противником крепостных рвов и ворот.

На территории крепости были построены многочисленные здания и сооружения, в которых разместились 8 пехотных полков и крепостная инженерная рота.

Однако Ее Величеству Истории было угодно, чтобы орудия Херсонской крепости ни разу не стреляли по противнику.

Именно в Херсоне началось строительство Черноморского флота. Днем рождения Адмиралтейства считается 19 ноября 1778 г., когда первый заложенный в его строительство камень освятил архиепископ славянский и таврический Никифор.

Екатерина II задолго до указа об основании Херсона по смете, составленной адмиралом А.Н. Сенявиным, отпустила на оплату первоочередных расходов по строительству Адмиралтейства 90 484 руб. ¾ копейки. А в августе 1778 г. щедро выделила вперед на два года 659 823 руб. 65 коп.

По приказу Потемкина, выполнявшего волю императрицы, строительство кораблей и закладка Адмиралтейства велись одновременно. Денежных средств и материалов вполне хватало, а вот с рабочей силой было плохо. Используя свою власть, Потемкин различными способами привлекал людей для строительства кораблей и верфей. Так, например, в центральных губерниях России набирали крепостных крестьян – плотников и кузнецов – и определяли их в рекруты на 25-летнюю воинскую службу. Их рабочий день длился от 9 до 16 часов, в зависимости от длины светового дня. В месяц они получали 60 копеек плюс питание и одежду. Работали на строительстве и вольнонаемные.

Кроме того, Потемкин сгонял в Херсон крепостных, работавших на оброк, беглых беспаспортных крестьян, отставных солдат и каторжников. В 1785 г. вышел указ императрицы об отправке в Херсон колодочников, осужденных к ссылке. Вскоре их скопилось в городе более 4 тысяч. Одевали и кормили их на 4 копейки в день.

Из-за малых глубин лимана на верфи строили корпуса судов, спускали их в лиман и у Глубокой гавани и там вооружали пушками, мачтами и такелажем.

К осени 1788 г. в адмиралтейском арсенале в Херсоне скопилось большое количество негодных чугунных и медных орудий. Здесь находились свезенные из южных крепостей старые орудия, выбракованные из-за трещин или разрывов корабельные пушки, множество «неумеренной тягости» разнокалиберных, плохо высверленных, с раковинами и другими дефектами турецких пушек, снятых с судов, потопленных и захваченных во время летних Лиманских сражений 1788 г. При серьезной нехватке артиллерии для строящихся кораблей эти негодные орудия решено было перелить в новые.