К началу войны Черноморский флот представлял собой грозную силу. Но даже базирование его кораблей доказывало, что флот готовится не к борьбе с реальным противником, то есть с немецкой армией и опереточным румынским флотом, а к отражению нападения каких-то мифических превосходящих морских сил.

В Севастополе базировались: эскадра в составе линейного корабля «Парижская Коммуна», бригады крейсеров (крейсера «Красный Кавказ», «Червона Украина», «Красный Крым») и Отряда лёгких сил (крейсера «Ворошилов», «Молотов», лидеры «Москва» и «Харьков», эсминцы «Бойкий», «Быстрый», «Безупречный», «Беспощадный», «Бодрый», «Смышленый», «Сообразительный», «Незаможник» и «Шаумян»);

1-я бригада подводных лодок (13 подводных лодок, находившихся в строю): Л-5, Д-5, С-31, 32, 33, 34, Щ-204, 205, 206, 208, 209, 210, 211;

2-я бригада подводных лодок (8 подводных лодок, находившихся в строю): М-31, 32, 33, 34, 35, 36, 58, 62; в ремонте М-59, 60, А-1, 2, 3, 5;

1-я бригада торпедных катеров (в числе которых имелось 10 катеров Г-5 «волнового управления», которые должны были наводиться на противника с самолётов МБР-2), бригада траления, сторожевые корабли и катера охраны водного района (ОВР) главной базы. В текущем ремонте (на заводе № 201): крейсер «Красный Крым», эсминец «Железняков»; подводные лодки Л-4 и Щ-207.

В капитальном ремонте подводные лодки Л-6, Д-4 и Д-6. Проходили заводские испытания подводные лодки Л-24 и Щ-216. Достраивались эсминцы «Способный» и «Совершенный».

В Одессе базировались: дивизион канонерских лодок в составе: «Красный Аджаристан», «Красная Армения», «Красная Грузия», а также старый крейсер «Коминтерн» (бывший «Кагул»).

На порт Очаков базировалась 2-я бригада торпедных катеров.

На ВМБ Новороссийск базировались:

Корабли ОВР, 10-й отдельный учебный дивизион подводных лодок (7 единиц, из которых в строю в Новороссийске подводные лодки Щ-201 и М-52; подводная лодка Щ-202 – в Феодосии на испытании торпед; подводные лодки Щ-203, М-51 и М-55 – в различных видах ремонта в Севастополе и подводная лодка М-54 – в среднем ремонте в Херсоне).

В ВМБ Поти находились: подводная лодка А-4 из состава 6-го дивизиона подводных лодок 2-й бригады подводных лодок, базировавшегося на Поти (остальные четыре подводные лодки находились на ремонте в Севастополе).

На ВМБ Батуми базировались: эскадренные миноносцы «Фрунзе» и «Дзержинский», временно выведенные из состава эскадры и приданные ВМБ Батуми.

На ремонте в Николаеве находились: лидер «Ташкент» (на нем производилась замена вооружения: щитовые установки Б-13 заменяли на башенные Б-2ЛМ, а 45-мм пушки 21К – на автоматы 70К), эсминец «Бдительный», канонерская лодка «Красная Абхазия» и подводные лодки Щ-212, 213, 214 и 215.

Там же, в Николаеве, на плаву достраивались:

лёгкие крейсера проекта 68 «Фрунзе» (техническая готовность 33 %, плановый срок ввода в строй 1942 г.), «Куйбышев» (27 %, 1942 г.);

лидеры проекта 48 «Киев» (48,9 %, 1942 г.) и «Ереван» (25,4 %, 1942 г.);

эсминец проекта 7У «Свободный» (83,8 %, 1941 г.);

эсминцы проекта 30 «Огневой» (50,8 %, 1942 г.) и «Озорной» (21,2 %, 1942 г.);

подводные лодки проекта XIIIбис: Л-23 (89,9 %, 1941 г.), Л-25 (63,2 %, 1941 г.);

подводная лодка проекта IХбис: С-35 (40,4 %, 1941 г.).

Кроме того, на стапелях находились линкор «Советская Украина», тяжёлый крейсер «Севастополь», лёгкие крейсера «Свердлов» и «Орджоникидзе», пять эсминцев проекта 30, четыре сторожевых корабля проекта 29, три подводные лодки проекта IХбис и три подводные лодки проекта XVI.