Увлечение постановкой мин в тех районах, где вероятность атаки вражеского флота была минимальной, распыляло и истощало силы флота при потере минного запаса. Но самое главное – коленчатые фарватеры заграждений создавали значительные трудности для судоходства, часто становясь серьезными препятствиями на пути собственных кораблей, особенно для тех, экипажи которых не успели к этому подготовиться. В результате на своих минах подорвались два эсминца, торпедный и два сторожевых катера, три транспортных судна, буксир, гидрографическое судно, две паромные шхуны, два сейнера и баржа; повреждения получили эсминец и два транспорта[112].

Корабли и суда, двигаясь по узким фарватерам, были существенно ограниченны в маневрировании. Зимой и весной 1942 г. по ним ежедневно в среднем проходило по 60 судов. В основных выводах по обороне Севастополя, подготовленных специальной комиссией наркомата ВМФ к декабрю 1942 г., указывалось, что потери от мин были связаны с несоблюдением навигационного режима плавания кораблями, неудовлетворительным навигационным обеспечением и низким уровнем культуры штурманской службы, отсутствием контроля над военными лоцманами[113].

По мнению наркома Н.Г. Кузнецова, ошибочной была не сама идея минных заграждений, а техника их постановки: «Бесспорно одно: минировать нужно продуманно. Следует помнить, что мины – угроза не только противнику, но и своим кораблям, что рано или поздно их придется тралить, что штормы срывают их, и тогда они носятся по воле волн… Неприятности, причиняемые своими минными полями, обусловливались главным образом недостатками в технике – мины всплывали, срывались с якорей и становились опасными»[114].

За 1941 г. у своих берегов и баз силами флота было выставлено 8371 мина и 1378 минных защитников (из них 675 мин в Азовском море, 150 мин в Керченском проливе, более 4 тыс. мин на подходах к Севастополю и Евпатории)[115].

В самом начале войны, помимо морской авиации, для борьбы с Румынией привлекались и боевые корабли флота. Однако в отличие от авиационных налетов результаты действий морских сил не оправдали возложенных на них ожиданий. Предприняв поставку мин у румынского побережья уже 23 июня, пострадал эсминец «Шаумян». В дальнейшем нарком ВМФ согласился с командующим Черноморским флотом не использовать лидеры и эсминцы для постановки минных заграждений, а применять их для активных боевых действий в море[116]. 26 июня в результате неудачного «набега» кораблей Черноморского флота на Констанцу был потоплен на мине лидер «Москва», а лидер «Харьков» получил серьезные повреждения.

28 июня нарком ВМФ указал, что главной задачей ЧФ в данный период является защита морских коммуникаций, и в первую очередь обеспечение перевозок жидкого топлива. Командование флотом в этот период опасалось действий подводных лодок противника. В донесении наркому ВМФ 2 июля сообщалось, что на Черноморском театре у советских военно-морских баз действует 10–12 подводных лодок[117]. Однако в реальности до лета 1942 г., как выяснилось уже после войны, кроме одной румынской подлодки, иных подводных сил на театре не было представлено. Борьба с мнимой подводной угрозой отвлекала силы флота на противолодочную оборону подходов к базам, приводя к их распылению.

Собственные подводные лодки привлекались для действий на коммуникациях противника. Из-за опасения высадки вражеских десантов 13 июля нарком ВМФ поставил основной задачей оборону побережья. К середине июля в море курсировали 10–11 подлодок, в том числе 3 у румынского побережья, остальные – у своих берегов. В начале января 1942 г. нарком ВМФ оценил действия советских лодок на коммуникациях противника как неудовлетворительные. За полгода подводными лодками удалось потопить 7 транспортов противника, однако потери составили также 7 лодок. Главной причиной неэффективности действий подлодок при больших потерях были существенные недостатки в планировании их походов при слабом навигационном сопровождении. Основные потери произошли от попадания на донные минные заграждения, защищавшие берега Румынии и Болгарии. В октябре – декабре 1941 г. здесь погибли С-34, Щ-211, Щ-204, М-58, М-59 и М-34, подорвались и получили повреждения Щ-212, Щ-205 и Л-4. С начала 1942 г. до падения Севастополя подводными силами Черноморского флота было совершено 42 похода на коммуникации противника, произведено 8 торпедных и 6 артиллерийских атак. В результате были потоплены болгарский и румынский транспорты, уничтожено 6 малых судов нейтральных стран.