В первые часы войны система правительственной ВЧ-связи была частично парализована. Понятно, что произошло это в западной части Советского Союза.
Отступление советских войск привело к потере большинства узлов связи, расположенных на западе страны. Времени на развертывание новых стационарных станций не было, а мобильные еще не были созданы. Другой уязвимый элемент – связь осуществлялась по проводам. Поэтому во многих местах кабель был поврежден во время авианалетов или стараниями диверсантов.
Поэтому не вызывает удивление тот факт, что к вечеру 22 июня 1941 года Генштаб не смог получить от штабов фронтов, армий и ВВС точных данных о местоположение войск РККА и вермахта. Достаточно сказать, что штаб Западного фронта 24 июня 1941 года не сумел установить никакую связь с двумя (3-й и 10-й) из трех своих армий.
Маршал Георгий Жуков вспоминал: «Чуть позже нам стало известно, что перед рассветом 22 июня во всех западных приграничных округах была нарушена проводная связь с войсками и штабы военных округов и армий не имели возможности быстро передать свои распоряжения. Заброшенная немцами на нашу территорию агентура и диверсионные группы разрушали проволочную связь, убивали делегатов связи и нападали на командиров. В штабы округов из различных источников начали поступать самые противоречивые сведенья, зачастую провокационного характера. Генеральный штаб, в свою очередь, не мог добиться от штабов округов и войск правдивых сведений, и, естественно, это не могло не поставить на какой-то момент Главное Командование и Генеральный штаб в затруднительное положение».
В дело пришлось вмешаться чекистам во главе с Лаврентием Берией. Используя возможности Особого техбюро, входящего в структуру центрального аппарата и региональных отделений Отдела правительственной связи НКВД СССР, Лубянке удалось наладить собственными силами телефонную засекреченную ВЧ-связь с действующими фронтами. Затем начали создаваться при крупных оперативных штабах Красной Армии подвижные группы связистов для «обеспечения маневренности в использовании телефонной связи по высокой частоте во фронтовой полосе».
В августе 1941 года при главных командованиях войск Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений были учреждены должности уполномоченных по правительственной связи НКВД СССР. Они обладали широкими полномочиями по организации правительственной ВЧ-связи. Например, они могли использовать в интересах НКВД провода, цепи и каналы всех наркоматов (связи, путей сообщений, речного флота и др.). Также их указания должны были выполнять руководители республиканских и областных управлений НКВД и других ведомств. Фактически ведомству Лаврентия Берии поручили организовать и обеспечивать бесперебойное функционирование системы правительственной связи.
Постепенно ситуация улучшалась, хотя чекисты, которые обслуживали систему правительственной ВЧ-связи в звене «фронт-армия», обнаруживали множество нарушений правил ведения разговоров по этим телефонным линиям. Вот цитата отчета начальника Управления войсками правительственной связи НКВД СССР генерал-майора войск связи Угловского: «…Переговоры по ВЧ осуществляются без всякого рода ограничений, т. е. переговоры совершенно секретного содержания о перегруппировки войск осуществляются без применения хотя бы простейших переговорных таблиц».
Также он предлагал ряд мер организационного и технического характера. Начиная от осуществления военными контрразведчиками или чекистами «закрытой проверки состояния скрытого управления войсками с целью выявления наиболее опасных звеньев в этой работе» и заканчивая использованием «шифровальных машин по примеру иностранных армий».