Через три дня челябинский Совет вызвал десять легионеров для разбора случившегося как свидетелей, объявил их виновниками инцидента и арестовал. Были задержаны и те, кто пришел в Совет с требованием освободить товарищей. Тогда командир 3-го Чешско-Словацкого полка подполковник С. Н. Войцеховский приказал занять город и освободить арестованных силой. Сопротивления легионерам оказано не было, и они захватили все имевшиеся у местного Совета запасы оружия – 2800 винтовок и артиллерийскую батарею.

На следующий день конфликт был улажен миром. Арестованные комиссары были освобождены, большая часть захваченного оружия была возвращена челябинскому Совету. Начались переговоры о пропуске эшелонов через Челябинск на восток.

20 мая в Челябинске открылся съезд представителей Чешско-Словацкого корпуса, который готовился давно. Капитан Радола Гайда был избран его делегатом. Стало известно, что в Москве арестованы прибывшие туда члены ЧСНС Макса и Чермак, которых вынудили подписать приказ всему корпусу сдать местным Советам все оружие «безо всякого исключения». То есть теперь разоружиться уже полностью.

В ответ на это съезд заявил, что он лишает ЧСНС права руководить движением эшелонов и передает это право избранному им Временному Исполнительному комитету (председатель – доктор Д. Павлу). Единогласно приняли решение оружия не сдавать, эшелоны в Архангельск не поворачивать и, если надо, пробиваться во Владивосток с боем.

В исполком вошли три командира полков: 3-го – подполковник С. Н. Войцеховский, 4-го – поручик С. Чечек и 7-го – капитан Р. Гайда. Они составили Военную коллегию исполкома. Съезд поручил им разработать план действий на случай открытого конфликта с большевиками.

К тому времени эшелоны с легионерами составляли по местоположению на железной дороге четыре группы: во Владивостоке – 8 тысяч, на линии железной дороги между Пензой и Тамбовом еще не двинулись на восток около 8 тысяч чехов и словаков, примерно столько же оказалось в районе Челябинска. Эшелоны с 4, 5 тысячами человек растянулись по Транссибу между Курганом и Иркутском. Съезд поручил Чечеку возглавить Пензенскую группу эшелонов, Войцеховскому – Челябинскую, а Гайде – корпусные эшелоны, двигавшиеся от Омска до Иркутска.

Так капитан Радола Гайда получил под свое командование войсковую группу из трех стрелковых полков, ударного батальона, запасного стрелкового полка и артиллерийской бригады. Съезд дал всем начальникам войсковых групп большую самостоятельность в действиях с задачей обеспечить беспрепятственное движение эшелонов к Владивостоку.

Гайда вернулся из Челябинска в Ново-Николаевск (ныне Новосибирск) утром 25 мая. Прямо на станции ему вручили только что перехваченную телеграмму Л. Д. Троцкого, широко известную в истории Гражданской войны в России. Вот ее полное содержание:

«Из Москвы, 25 мая. 23 часа. Самара, ж/д.

Всем совдепам по ж/д линии от Пензы до Омска.

Все Советы под страхом ответственности обязаны немедленно разоружить чехословаков. Каждый чехословак, который будет найден вооруженным на линии железной дороги, должен быть расстрелян на месте, каждый эшелон, в котором окажется хоть один вооруженный, должен быть выгружен из вагонов и отправлен в лагерь для военнопленных. Местные военные комиссары обязуются немедленно выполнить этот приказ, всякое промедление которого равносильно бесчестной измене и обрушит на виновного суровую кару. Одновременно посылаются в тыл чехословакам надежные части, которым поручено проучить неповинующихся.

С честными чехословаками, которые сдадут оружие и подчинятся советской власти, поступать как с братьями и оказывать им всяческое содействие. Им пойдем всевозможно навстречу. Всех железнодорожников поставить в известность, что ни один эшелон с чехословаками не должен продвинуться дальше на восток. Кто уступит насилию и будет содействовать чехословакам в их продвижении, будет строго наказан.