Военная карьера для офицера Генерального штаба складывалась более чем успешно. С января 1908 года А. П. Богаевский становится начальником штаба 2-й гвардейской кавалерийской дивизии. Однако, служа в столичной гвардии, он не терял своих связей с родным Доном. К тому же казачьи офицеры гарнизона Санкт-Петербурга всегда отличались спаенностью и корпоративностью.

…С началом Первой мировой войны российская гвардия сразу оказалась на фронте. Вскоре начальник дивизионного штаба получает в самостоятельное командование 4-й гусарский Мариупольский полк, один из старейших в Российской императорской армии. Полком армейской кавалерии полковник А. П. Богаевский командовал успешно.

В январе 1915 года он «возвращается» в казачью гвардию, будучи назначен командиром лейб-гвардии Сводно-Казачьего полка. Полк состоял из четырех сотен. Первую сотню составляли уральцы, вторую – оренбуржцы, третью – сибиряки (полусотня), астраханцы и семиреченцы (по взводу), четвертую сотню – забайкальцы (полусотня), амурцы и уссурийцы (по взводу).

Следует заметить, что казачий офицер с блестящим для генштабиста-кавалериста послужным списком находился на виду у окружения императора Николая II Романова, ставшего в чине полковника Верховным главнокомандующим России. В сентябре 1915 года Богаевский зачисляется в Свиту императора, продолжая при этом воевать на фронте.

В октябре 1915 года Африкан Богаевский, получивший «на лейб-гвардии Сводно-Казачьем полку» в марте того года эполеты генерал-майора, назначается начальником штаба походного атамана всех казачьих войск великого князя Бориса Владимировича Романова. Теперь он служит в прифронтовом городе Могилеве, где находилась Ставка Верховного главнокомандующего России.

Первая мировая война сформировала Африкана Петровича Богаевского как военачальника. Об этом свидетельствовали его высокие боевые награды – ордена Святого Владимира 2-й степени и Святой Анны 1-й степени, Георгиевское оружие (за отличия в должности начальника штаба 2-й гвардейской кавалерийской дивизии). К 17-му году он имел личную известность в казачьих войсках.

…Наступил «знаковый» для старой России 1917 год. После Февральской революции началась массовая чистка русской армии от «явных» монархистов. Комиссары Временного правительства отправили в отставку сотни и сотни старших офицеров, многих авторитетных и заслуженных лиц из армейского генералитета. Многих «строгих» командиров изгоняли с фронта по требованиям солдатских комитетов. Воинская дисциплина и организованность в частях, прежде всего в тыловых гарнизонах, падала прямо на глазах.

Прошла чистка и Ставки Верховного главнокомандующего, штаба походного атамана всех казачьих войск. Великому князю из династии Романовых, естественно, пришлось покинуть армейские ряды. Покинул прифронтовой Могилев и генерал-майор А. П. Богаевский, в монархических взглядах которого комиссары Временного правительства не сомневались.

Но, в отличие от многих офицеров и генералов Ставки, по убеждениям монархистов, Богаевский не оставил службу. В апреле 1917 года он назначается командиром Забайкальской казачьей дивизии, а затем ему вверяется в командование 1-я Гвардейская кавалерийская дивизия. В августе он получает должность заместителя начальника штаба 4-го кавалерийского корпуса. При этом он оставался убежденным корниловцем.

В тот 17-й год, который стал голгофой Российской империи, Русский фронт с лета разваливался прямо на глазах. Анархия военного времени прежде всего поглотила тыловые гарнизоны, особенно столичный, и Балтийский флот. Богаевскому пришлось «досрочно» оставить штаб кавалерийского корпуса и убыть на тихий Дон. В декабре он прибыл к войсковому атаману А. М. Каледину по его вызову и сразу стал одним из его ближайших помощников.