В декабре того же года Анненков во главе своего отряда прибывает на расформирование в Омск, столицу Сибирского казачьего войска. Там он отказался подчиниться приказу Совета казачьих депутатов о разоружении конно-партизанского отряда (перед этим его пытались разоружить в Орше и Пензе). Так начался его конфликт с советской властью. В результате командира партизан объявили вне закона.

Войсковой старшина уходит в подполье. В январе 1918 года он возглавляет созданную в Омске казачью организацию тринадцати. В том же месяце несколько таких небольших контрреволюционных групп, в том числе и анненковская (в нее входило уже 24 казака), на нелегальном собрании решили начать вооруженную борьбу против новой власти. Участники собрания покидают Омск и оседают в близлежащих от города казачьих станицах, в которых было неспокойно. Анненковцы укрылись близ станицы Шараповской.

В марте месяце нелегально созванный войсковой круг сибирского казачества, встававшего на сторону Белого движения, проведенный в станице Атаманской под Омском, избрал Б. В. Анненкова войсковым атаманом.

Выступление белых началось 19 марта 1918 года. Отряд Бориса Анненкова из станицы Захламинской, расположенной в шести верстах от Омска, совершил дерзкий налет на Омский казачий собор, захватив хранившиеся в нем «знамя Ермака» и знамя, врученное сибирскому казачеству в честь 300-летия дома Романовых. Стоя на санях со знаменем Ермака в руках, Анненков промчался по льду Иртыша. Он сумел уйти вместе с другими участникам налета от посланной за ним погони, уведя своих казаков в Кокчетавские степи.

«Знамя Ермака» было святыней сибирского казачества. Оно относилось к числу «простых» знамен. На одной стороне его было изображение Святого Михаила, на другой – Святого Дмитрия. Ранее эта войсковая регалия принадлежала Тобольскому казачьему пешему батальону.

Вскоре войсковой атаман вышел из Кокчетавских степей, обосновавшись недалеко, в 21 версте от Омска, в станице Мельничной. К весне 1918 года анненковский отряд вырос до 200 человек, взявшихся за оружие против Советов. Вскоре отряд, состоявший на тот период почти исключительно из хорошо организованных и дисциплинированных казаков, стал совершать налеты, занимаясь прежде всего добыванием оружия и боевых припасов. Вооружения белые казаки в самый короткий срок захватили достаточно много.

Отряд (атаман называл его теперь дивизией) состоял из двух Отдельных бригад – конной и стрелковой (300 сабель и 300 штыков). Вместе с Анненковым действовал отряд полковника Волкова численностью около 500 штыков и сабель.

Анненковцы захватили было город Омск, но силы оказались в схватке за него с красными не из равных. Белым пришлось уйти, но недалеко, из Омска, который на короткое время вновь оказался в руках большевиков.

Но ситуация в Сибири, на линии Транссиба, складывалась уже не в их пользу. По железнодорожной магистрали, растянувшись на многие тысячи верст на восток, в портовый город Владивосток тянулись эшелоны с частями Чехословацкого корпуса, ставшего в еще неоконченной Первой мировой войне частью французской армии.

Весной 1918 года отряд войскового старшины Бориса Анненкова уже представлял собой значительную силу антибольшевистского подполья в Сибири. Когда начался мятеж Чехословацкого корпуса, анненковцы активно поддержали белочехов. К тому времени численность белоказачьего отряда уже доходила до тысячи человек.

Анненков признал омское Временное Сибирское правительство. Белоказачий отряд (Партизанская дивизия) включается в состав 3-го Уральского армейского корпуса Сибирской армии. Он принимает в сентябре – октябре 1918 года участие в боях с красногвардейскими частями В. К. Блюхера и Н. Д. Каширина.