Весной 1521 г. Лютер предстал перед рейхстагом в Вормсе, где был признан виновным и присужден к имперской опале. Но его сторону приняли коллеги по Виттенбергскому университету, ученые из других германских учебных заведений, патриотически настроенные немецкие князья, среди которых был и курфюрст Фридрих Саксонский, государь Лютера. Приверженцы проповедника взяли его под защиту и поместили для безопасности под именем рыцаря Георга в замок Вартбург, где тот скрывался почти год.

В конце концов богословский спор перерос в вооруженные столкновения. Вслед за восстанием рыцарей-лютеран в 1523 г. разразилась Великая крестьянская война, которая продлилась два года и закончилась поражением и казнями бунтовщиков.

В 1526 г. Шпейерский рейхстаг по требованию немецких князей-лютеран принял постановление о праве каждого князя выбирать религию для себя и своих подданных. Спустя четыре года рейхстаг, собравшийся уже в баварском Аугсбурге, это решение отменил и принял так называемое «Опровержение», в котором объявлялось о полной ликвидации лютеранства на территории Германии. В ответ шесть германских княжеств и 14 вольных городов «заявили протест» и подписали «Protestatio», документ, в котором высказывалось несогласие с этим решением. Отсюда и начался протестантизм.

«Опровержение» послужило причиной яростных религиозных войн, бушевавших в Европе с перерывами более столетия. Почти пол-Европы вырвалось из под влияния католической церкви. Для борьбы с «ересью» по инициативе неистового фанатика Игнатия Лойолы в 1540 г. был создан орден иезуитов, по сути, военная монашеская организация, которую Папа благословил использовать любые средства в борьбы с еретиками. Через два года в Риме образовался Центральный трибунал Святой инквизиции.

В этой борьбе Отто Оттгейнрих становится на сторону Реформации, принимает протестанство, в знак чего строит в 1542 г. на территории западного крыла дворца протестантскую церковь, первую, как отмечают некоторые источники, в Германии.

В молитвенных домах протестантов в отличие от католиков не должно быть богатого убранства, роскошных алтарей, образов святых и их статуй. Один из постулатов протестантизма гласит: «Не делай себе кумира и никакого изображения того, что на небе вверху, и что на земле внизу, и что в воде ниже земли; не поклоняйся им и не служи им». Но Оттгейнрих был Виттельсбахом, которым от роду свойственна тяга к красоте, и поэтому потолок в церкви украшен фресками на религиозные темы, среди которых главная – Вознесение Христа. Стиль trompe l’oeil, в котором Ганс Бокбергер-старший выполнил роспись, позднее стал очень популярен в Европе. Сегодня замковая церковь Нойбурга – его главная достопримечательность – старейшая их сохранившихся в Германии протестантских церквей.

В 1543 г. для пфальцграфа наступает полоса испытаний. В апреле умирает любимая жена Сюзанна. Вслед за этим скорбящему супругу начинают предъявлять иски кредиторы. После бухгалтерской ревизии выясняется, что долги превышают 1 млн гульденов. В основном это были деньги, которые пошли на строительство дворца.

Тем временем междоусобица в Европе продолжается. В 1546 г. Нойбург занимают войска императора. За поддержку Реформации он отправляет Оттгейнриха в ссылку. Место, правда, было выбрано удобное, замок Гейдельберг, который принадлежал дяде «вероотступника».

Ссылка длилась около 10 лет. За эти годы позиции протестантов в Баварии укрепились, и в 1556 г. Отто Оттгейнрих становится курфюрстом Пфальца. На этом посту он пробыл всего три года, которые были заняты больше борьбой с собственными болезнями, к этому времени Оттгейнрих весил около 200 кг. В 1559 г. в возрасте 57 лет он покинул этот мир.