Какие же улики были предъявлены Думенко на суде? Его обвиняли в том, что он публично надевал офицерские погоны. На этом настаивал Буденный, хотя отмечал при этом, что Борис Мокеевич, скорее всего, самозванец и офицером никогда не был. В белых газетах печатали: «Думенко в среде большевистских вождей – далеко не заурядная личность, один из немногих самородных талантов». Такая похвала со стороны врага могла быть при желании расценена трибуналом как попытка переманить комкора на сторону белых. Что касается самого убийства Микеладзе, то вначале было заявлено, что его застрелил сам Думенко, когда комиссар попытался пресечь дикую пьянку в штабе корпуса. Эта версия быстро рассыпалась – свидетелей не нашлось, к тому же убитый был другом Думенко и совсем недавно торжественно вручал ему партбилет. В итоге следствие пришло к выводу, что «военком Микеладзе был убит неизвестным ординарцем штаба конного корпуса, но подстрекателями и прямыми укрывателями убийцы являются комкор Думенко и его штаб». Еще до этого присланная РВС комиссия подвела итог: «Думенко и его штабные чины своей деятельностью спекулируют на животных инстинктах массы, пытаясь завоевать себе популярность и поддержку тем, что дают полную волю в поощрение грабежам, пьянству и насилию. Злейшими их врагами является каждый политработник, пытающийся превратить разнузданную и дикую массу в регулярную дисциплинированную и сознательную боевую единицу».

После суда над Думенко его адвокат Исай Израилевич Шик говорил одному своему знакомому, тоже адвокату: «Процесс я проиграл. Мне очень мешали Буденный и Ворошилов. Но еще неясно, чем все обернется: на тюремном дворе выступали красноармейцы за Думенко». Так что Семен Михайлович сыграл определенную роль в падении Думенко, хотя роль Смилги, Белобородова и Ворошилова в этом деле неизмеримо больше. По преданию, один из бывших бойцов-думенковцев сказал Буденному, когда он после ареста Думенко объезжал строй: «Ты, Сенька, не п…ди, а играй барыню!»

В газете «Советский Дон» 9 марта 1920 года было впервые сообщено об аресте Думенко и его товарищей. Там, в частности, говорилось: «Следственная комиссия, назначенная РВС армии для расследования обстоятельств, при которых произошло убийство и розыск виновников, пришла к заключению, что убийцы Микеладзе находятся в штабе Думенко. Помимо этого о деятельности Думенко и его штаба имелись сведения, которые требовали скорейшего вмешательства РВС армии, дабы предотвратить творившиеся в штабе безобразия. Пьянство и бандитизм были явлениями обычными и действовали разлагающе на весь корпус. Политическая работа в Корпусе почти не велась, так как тов. Думенко и его приближенные не признавали никаких комиссаров и представителей Советской власти, терроризировали различными угрозами. Во время нахождения корпуса в Новочеркасске пьянство и дебоши достигли небывалых размеров. Чины штаба устраивали оргии с женщинами, производили незаконные реквизиции и конфискации. Сам Думенко поощрял все эти безобразия и преступления, громко заявляя о своих симпатиях к батьке Махно. Все эти преступления и вызвали своевременное энергичное распоряжение РВС об аресте Думенко и его приспешников. Следствие по делу Думенко впредь до приезда представителя Ревтрибунала ведет член Реввоенсовета армии т. Белобородов».

С комкором разобрались быстро и жестоко. Дело Думенко стало первым компромиссом Буденного со своей совестью – ведь совсем недавно они вместе сражались с казаками Краснова в Сальском округе и под Царицыным. Здесь сыграли свою роль соперничество с Думенко, который когда-то был командиром Буденного, а главное – опасение, что попытка выгородить боевого товарища может и его самого подвести под трибунал. Недавно появились и более экзотические версии – например, статья полковника С. Коломнина в «Независимой газете» о том, как Думенко в бытность начальником Буденного велел прилюдно выпороть его в наказание за бесчинства его бойцов. В статье говорится: «Когда двое дюжих «думенковцев» срывали с Буденного рубаху и укладывали его для порки на лавку, он в ярости протестовал: «Да у меня полный Георгиевский бант, меня даже офицер при царе пальцем не мог тронуть, а ты меня, красного конника, плеткой?!» На что стоявший рядом Думенко, посмеявшись, ответил: «Да какой ты Георгиевский кавалер, Семен, фантиков себе на базаре навесил, а так настоящие казаки не делают». Хотя автор ссылается на воспоминания каких-то «ветеранов-первоконников», его история кажется вымышленной. Телесные наказания в Красной Армии были запрещены, а уж порка одного командира другим на глазах подчиненных выглядит и вовсе нереальной.